procesul de aplicare a imaginii CLARITY începe cu o probă de țesut postmortem. În continuare, trebuie aplicate o serie de tratamente chimice pentru a obține transparență, în care conținutul de lipide al probei este îndepărtat, în timp ce aproape toate proteinele originale și acizii nucleici sunt lăsați la locul lor. Scopul acestui lucru este de a face țesutul transparent și astfel supus unei investigații microscopice detaliate a părților sale funcționale constitutive (care sunt predominant proteine și acizi nucleici). Pentru a realiza acest lucru, structura proteică preexistentă trebuie plasată într-o schelă transparentă care o păstrează, în timp ce componentele lipidice sunt îndepărtate. Această schelă este alcătuită din monomeri hidrogelici, cum ar fi acrilamida. Adăugarea de molecule precum formaldehida, paraformaldehida sau glutaraldehida poate facilita atașarea schelei la proteinele și acizii nucleici care urmează să fie conservați, iar adăugarea de căldură este necesară pentru a stabili legăturile reale dintre componentele celulare și acrilamidă.
odată ce această etapă este finalizată, componentele proteice și ale acidului nucleic ale celulelor țesutului țintă sunt ținute ferm în poziție, în timp ce componentele lipidice rămân detașate. Lipidele sunt apoi îndepărtate peste 1-2 săptămâni de difuzie pasivă în detergent sau accelerate prin metode electroforetice la doar ore până la zile. Pe măsură ce trec, proprietățile lipofile ale detergentului îi permit să ridice și să excizeze orice lipide întâlnite pe parcurs. Coloranții lipofili ca DiI sunt îndepărtați, totuși există coloranți lipofili compatibili cu claritatea care pot fi fixați la proteinele vecine. Marea majoritate a moleculelor non-lipidice, cum ar fi proteinele și ADN-ul, rămân neafectate de această procedură, datorită gelului acrilamidic și proprietăților chimice ale moleculelor implicate.
după cum s-a raportat în lucrarea inițială, țesutul se extinde în timpul acestui proces, dar după cum este necesar poate fi readus la dimensiunile sale inițiale cu o etapă finală de incubație în soluția de potrivire a indicelui de refracție.
în această etapă a procesului, eșantionul a fost complet pregătit pentru imagistică. Contrastul pentru imagistică poate proveni din molecule fluorescente endogene, din etichete de acid nucleic (ADN sau ARN) sau din imunostimulare, prin care se utilizează anticorpi care se leagă în mod specific de o anumită substanță țintă. În plus, acești anticorpi sunt etichetați cu etichete fluorescente care sunt cheia rezultatului final al imaginii. Metodele standard de imagistică confocală, cu doi fotoni sau cu foi de lumină sunt toate potrivite pentru a detecta apoi fluorescența emisă până la scara localizării proteinelor, rezultând astfel imaginile finale foarte detaliate și tridimensionale pe care le produce claritatea.
după ce o probă a fost imunosupresată pentru o imagine, este posibilă îndepărtarea anticorpilor și reaplicarea unora noi, permițând astfel o probă să fie imaginată de mai multe ori și vizând mai multe tipuri de proteine.