Ellis a lucrat la Bell Labs din 1969 până în 1972 la teoria probabilității aplicată teoriei calculului. În 1972 a devenit profesor asistent și membru fondator al Departamentului de informatică de la Universitatea din Colorado Boulder pentru a lucra la cercetarea sistemelor de operare.
Ellis a acceptat o poziție trei ani mai târziu ca profesor asistent în EECS la MIT pentru a lucra la cercetări legate de ARPANET. A părăsit MIT după un an pentru a începe să lucreze la Xerox PARC și la Universitatea Stanford. Ellis a rămas la Xerox PARC și Universitatea Stanford timp de aproape un deceniu. În timpul petrecut acolo, a lucrat la GUI bazat pe pictograme, limbaje de programare orientate pe obiecte și sisteme de grup. „A făcut parte din echipa de sociologi, psihologi și informaticieni care au lucrat la Alto, primul computer personal (PC) din lume și interfețele și software-ul aferent. Multe dintre aceste inovații din anii 1970 la care a făcut parte Ellis au fost ulterior comercializate pe scară largă, de exemplu în Apple Lisa computer și Microsoft MS-DOS software. La PARC, Ellis a condus grupul de cercetare Office, care a dezvoltat primul sistem office care utilizează icoane și Ethernet pentru colaborarea la distanță.”
la mijlocul anilor 1980, Ellis a condus grupul de cercetare Groupware la Microelectronics and Computer Technology Corporation (MCC). În timp ce era la MCC, a condus eforturile în editarea colaborativă în timp real și a fost pionier în domeniul transformării operaționale. La începutul anilor 1990, Ellis a părăsit MCC pentru a deveni arhitectul șef al produsului flowpath workflow al Bull S. A. în Franța.
în 1992, Ellis s-a întors la Universitatea din Colorado Boulder ca profesor titular cu mandat în departamentul de informatică. Acolo și-a continuat activitatea pe groupware, în special sisteme de flux de lucru de generație următoare, la scară largă și sisteme de asistență pentru întâlniri mediate de agenți. În 2009, a devenit profesor emerit la universitate, unde a insistat să predea periodic un curs introductiv de calcul pentru a „încuraja studenții de toate etniile să-și extindă orizonturile.”Pentru a oferi oportunități suplimentare studenților de a urmări știința și ingineria, Ellis” a ajutat la stabilirea programului de 10 săptămâni de vară Multicultural Access to research Training (SMART) la universitate.”
în 2013, Ellis a câștigat o bursă Fulbright pentru a preda și a efectua cercetări în departamentul de informatică de la Universitatea Ashesi. La Ashesi, interesele sale de cercetare au fost dezvoltarea de sisteme informatice pentru a simula forme alternative de guvernare pentru țările în curs de dezvoltare.