rezumat
progrese majore în editarea genomului au fost recent posibile odată cu dezvoltarea metodelor TALEN și CRISPR/Cas9. Viteza și ușurința implementării acestor tehnologii au dus la o explozie de organisme mutante și transgenice. Un pas de limitare a ratei în aplicarea eficientă a metodelor TALEN și CRISPR / Cas9 este selectarea și proiectarea construcțiilor de direcționare. Am dezvoltat un instrument online, CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), pentru a accelera procesul de proiectare. CHOPCHOP acceptă o gamă largă de intrări (identificatori de gene, regiuni genomice sau secvențe LIPITE) și oferă o serie de opțiuni avansate pentru selectarea țintei. Folosește algoritmi eficienți de aliniere a secvențelor pentru a minimiza timpii de căutare și prezice riguros legarea în afara țintei a ARN-urilor cu un singur ghid (sgRNAs) și TALENs. Fiecare interogare produce o vizualizare interactivă a genei cu site-uri țintă candidate afișate la pozițiile lor genomice și coduri de culori în funcție de scorurile de calitate. În plus, pentru fiecare posibil site țintă, site-urile de restricție și candidații primer sunt vizualizate, facilitând o conductă simplificată de generare și validare a mutanților. Ușurința de utilizare și viteza CHOPCHOP îl fac un instrument valoros pentru ingineria genomului.