Charles Chauncy a fost strănepotul lui Charles Chauncy, al doilea președinte al Colegiului Harvard. Tânărul Charles s-a născut și a fost educat în Boston. A absolvit Harvard în 1721 și a obținut masterul acolo în 1724. Hirotonit ca ministru la prima biserică din Boston în 1727, a slujit în această poziție prestigioasă timp de 60 de ani. În 1727 s-a căsătorit cu prima dintre cele trei soții, Elizabeth First; în 1738 s-a căsătorit cu Elizabeth Townsend; iar în 1760 cu Mary Stoddard. El a fost o persoană serioasă, harnică și un savant energic al religiei și al Bibliei.
Chauncy a devenit cel mai formidabil critic al Marii treziri. În 1741 a ținut o prelegere remarcabil de apropiată în spirit de gândirea clericului New England Jonathan Edwards, dar un an mai târziu Chauncy a predicat împotriva revigorărilor. A lui Seasonable Thoughts on the State of Religion (1743) este un tratat construit cu grijă împotriva entuziasmului religios. Referindu-se pe larg la Biblie, el a prezentat Marea trezire ca o perioadă de emoționalism fugar, mândrie spirituală, iluzie și dezordine. Când George Whitefield, marele evanghelist englez, s-a întors în Noua Anglie în 1744, nu a fost binevenit nici la Harvard, nici la Yale, iar Chauncy, membru al Consiliului de supraveghere al Harvard, a ales acest moment pentru a predica o excoriație a lui Whitefield și trezirea.
deși Chauncy se considera Calvinist, el a reinterpretat Calvinismul în mai multe puncte majore, îndepărtându-se de opiniile contemporanilor săi mai ortodocși. El a predicat împotriva unei stabilimente Anglicane în colonii. Chauncy a văzut rațiunea ca fiind esența „caracterului nostru ca oameni” și a crezut că va ajuta la îndrumarea unei persoane spre mântuire. El a simțit că contrastul dintre credință și fapte ca opuse fusese accentuat.
credința lui Chuncy în fiabilitatea esențială a bunului simț, chiar și în cei neremunerați, derivă din încrederea sa în bunăvoința zeității. El a susținut că moartea lui Hristos era necesară pentru mântuirea omului, nu pentru a potoli un Dumnezeu răzbunător, ci pentru că acest eveniment cataclismic i-a trezit pe păcătoși la autoritatea lui Dumnezeu. Chauncy a simțit că Hristos a murit nu pentru a răscumpăra câțiva aleși, ci pentru a salva întreaga omenire și că păcatul originar nu era o condiție imputată, ci doar o tendință înnăscută. El s-a mutat treptat spre universalism și conceptul de Dumnezeu ca monarh unic al universului, mai degrabă decât Dumnezeul celor trei persoane ale calvinismului. Aceste teme sunt de bază pentru influentul său Compleat vedere asupra episcopatului (1771), precum și alte două lucrări, bunăvoința zeității (1784) și Misterul Ascuns Fromm Ages … sau mântuirea tuturor oamenilor … (1784), ambele publicate anonim la Londra, dar aparent scrise înainte de 1768. Gândirea lui Chauncy a prefigurat în mod semnificativ evoluțiile secolului 19 în teologia New England.