ca parte a acordurilor Conferinței de la Yalta, un plebiscit a avut loc în Mongolia în octombrie 1945 sub auspiciile Organizației Națiunilor Unite (ONU), cu votul copleșitor în favoarea independenței față de autonomie. Republica Chineză a recunoscut Mongolia în ianuarie 1946, iar cele două țări au semnat un tratat de prietenie în februarie. În iunie 1946, Mongolia a făcut prima dintre mai multe cereri nereușite de aderare la ONU. Între timp, Mongolia a recunoscut Republica Populară Chineză la proclamarea acesteia din urmă în 1949 și a stabilit relații diplomatice cu Coreea de Nord (1948), țările satelit sovietice din Europa de Est și centrală (1950) și India (1955). Mongolia a câștigat admiterea la ONU în 1961, iar în 1963 Regatul Unit a devenit prima țară occidentală care a stabilit relații cu Mongolia.
anii 1950 au fost o perioadă de tranziție politică și avansare economică. Choibalsan a murit în 1952 într-un spital din Moscova, iar Tsedenbal a fost numit președinte (adică., echivalentul primului ministru) al Consiliului de Miniștri, (cel mai înalt organ al puterii executive. În 1954, Secretarul General al MPRP Tsedenbal a fost demis de Dashiin Damba, care a fost desemnat primul secretar al MPRP, dar în 1958 Tsedenbal a preluat controlul Partidului—tot ca prim secretar—și l-a demis pe Damba din motive ideologice. Colectivizarea creșterii animalelor a fost finalizată în anii 1950, deoarece păstorii erau obligați să predea toate, cu excepția câtorva dintre animalele lor, marilor ferme cooperative (negdel). Calea ferată Trans-mongolă-construită în comun de mongoli și sovietici și finalizată în 1955—s-a întins pe Mongolia de la nord la sud și a servit ca simbol al solidarității sovieto-chineze, dar a fost construită folosind sovietic ecartament feroviar larg mai degrabă decât ecartamentul standard folosit în China. În 1958 Mongolia a început să participe la întâlnirile Comecon, alăturându-se acestei organizații în 1962.
Mongolia și China au semnat un tratat de prietenie și asistență reciprocă în 1960, iar cele două țări au redemarcat pe cale amiabilă lunga frontieră dintre ele. Cu toate acestea, disputa ideologică care s-a dezvoltat între Uniunea Sovietică și China cu privire la unitatea și conducerea mișcării comuniste a înrăutățit relațiile Mongoliei cu China. China a criticat aspru sovieticii pentru gestionarea crizei rachetelor cubaneze din octombrie 1962 cu Statele Unite și doi ani mai târziu a efectuat primul său test de bombă atomică—vânturile predominante care transportau precipitații radioactive spre nord în teritoriul mongol. În ianuarie 1966, Mongolia și Uniunea Sovietică au semnat un nou tratat de prietenie, cooperare și asistență reciprocă care includea protocoale secrete care permiteau sovieticilor să staționeze trupe, avioane și rachete în Mongolia. Relațiile Sino-sovietice au degenerat și mai mult în urma ciocnirilor dintre trupele lor de-a lungul frontierei lor la râul Ussuri (Wusuli) în martie 1969. Între timp, liderul chinez Mao Zedong lansase mișcarea care a devenit cunoscută sub numele de Revoluția Culturală (1966-76), în timpul căreia mongolii din Mongolia Interioară au suferit în special considerabil.
în 1949, MPRP condamnase modul în care se preda istoria mongolă, susținând că cei cu opinii „naționaliste burgheze” lăudau cuceririle lui Genghis Khan și trecutul „feudal” al Mongoliei în detrimentul realizărilor partidului și al Revoluției mongole. Cu toate acestea, pe măsură ce 800 de ani de la nașterea lui Genghis Khan se apropia în 1962, Partidul a decis să organizeze sărbători care să-l onoreze, care urmau să includă dezvelirea unui nou monument pentru el, susținerea discursurilor și emiterea unui set de timbre poștale comemorative. Cu toate acestea, în urma criticilor Sovietice care l-au etichetat pe Genghis drept „reacționar” al cărui „jug tătar-Mongol” a risipit Rusia, Mongolia a anulat rapid sărbătorile și a retras ștampilele. A urmat o nouă evaluare MPRP a lui Genghis Khan, care l-a considerat, de asemenea, reacționar și care l-a creditat doar pentru unificarea triburilor mongole. Orice abatere de la această linie a fost considerată promovarea nedorită a naționalismului și nu a fost tolerată. Această politică a înăbușit practic toate discuțiile despre Genghis Khan și naționalismul Mongol în următorii 40 de ani.
tensiunile dintre Mongolia și China au escaladat de-a lungul anilor 1970. Mongolia a acuzat China că dorește să anexeze Mongolia și, ca pretext pentru pretențiile sale teritoriale pe teritoriul mongol, că îl promovează pe Genghis Khan ca împărat al dinastiei Yuan. China, în timpul propriilor sărbători de 800 de ani, a contracarat criticând Uniunea Sovietică pentru „ocuparea” Mongoliei prin staționarea trupelor și echipamentelor militare acolo. În aprilie 1978, China a cerut retragerea Sovietică din Mongolia, iar premierul Tsedenbal a vizitat prompt o unitate a Armatei Sovietice staționată în Mongolia pentru a-i mulțumi pentru protejarea țării împotriva „amenințării Chineze”. Mongolia a început expulzarea imigranților chinezi la începutul anului 1979, acuzându-i de „comploturi expansioniste”, care au exacerbat și mai mult neîncrederea dintre cele două țări. Tensiunile din regiune s-au relaxat considerabil la mijlocul anilor 1980, pe măsură ce liderii sovietici și mongoli au luat măsuri pentru normalizarea relațiilor cu China. Relațiile diplomatice au fost restabilite între Mongolia și China în 1986.