w 1768 roku francuski odkrywca Louis Antoine de Bougainville nazwał wyspę na cześć ówczesnego ministra spraw zagranicznych Francji, Étienne François, Duca de Choiseul.
pierwsza odnotowana przez Europejczyków obserwacja miała miejsce podczas hiszpańskiej wyprawy Álvaro de Mendaña w kwietniu 1568 roku. Dokładniej obserwacja była spowodowana lokalnym rejsem wykonanym przez małą łódź, w relacjach brygantynę Santiago, dowodzoną przez Maestre de Campo Pedro Ortega Valencia i mającą Hernána Gallego jako pilota. Nazwali go San Marcos, a także nazwali wąski kanał oddzielający San Jorge od wyspy Santa Isabel kanałem Ortega na cześć dowódcy wyprawy.
w XIX wieku mieszkańcy Choiseul doznali ataków z powodu blackbirdingu (często brutalnego werbunku lub porwania robotników na plantacje cukru w Queensland i Fidżi).
w kwietniu 1885 Cesarstwo Niemieckie ogłosiło protektorat nad północnymi Wyspami Salomona, w tym Choiseul. W 1900 roku na mocy Traktatu Berlińskiego (14 listopada 1899) Niemcy przekazali Północne Wyspy Salomona (z wyjątkiem Bougainville ’ a i otaczających je Wysp) Protektoratowi Wysp Salomona w zamian za zrzeczenie się przez Brytyjczyków wszelkich roszczeń do Samoa. Misjonarze osiedlili się w Choiseul pod obydwoma protektoratami, nawracając większość ludności na chrześcijaństwo. Na początku XX wieku kilka brytyjskich i australijskich firm rozpoczęło sadzenie kokosa na dużą skalę.
austriacki antropolog i fotograf Hugo Bernatzik odwiedził Choiseul w 1932 roku. Bernatzik udokumentował niektóre z nielicznych zachowanych zwyczajów rodowych mieszkańców wyspy i opisał je w opublikowanej kilka lat później etnografii. Wykonał też kilka zdjęć wyspiarzy i przywiózł kamienną urnę z rzeźbami, odzwierciedlającą kulturę, którą uważał za umierającą w kontakcie ze współczesnym światem.
podczas II wojny światowej wojska japońskie zajęły Choiseul w 1942 roku. Batalion US Marines przeprowadził nalot na wyspę w październiku-listopadzie 1943 roku, aby odwrócić uwagę od lądowania na Przylądku Torokina.
po uzyskaniu niepodległości przez Wyspy Salomona w lipcu 1978, Choiseul zostało administrowane jako część prowincji Choiseul.