Cn3D to narzędzie do wizualizacji struktur biomolekularnych, sekwencji i wyrównań sekwencji. Tym, co odróżnia Cn3D od innych programów, jest jego zdolność do korelowania struktury i informacji o sekwencji: na przykład naukowiec może szybko znaleźć pozostałości w strukturze krystalicznej, które odpowiadają znanym mutacjom chorobowym lub zachowanym pozostałościom miejsca aktywnego z rodziny homologów sekwencji. Cn3D wyświetla wyrównania struktury-struktury wraz z ich wyrównaniami sekwencji opartych na strukturze, aby podkreślić, które regiony grupy powiązanych białek są najbardziej zachowane w strukturze i sekwencji. Dołączone są również niestandardowe funkcje etykietowania, wysokiej jakości Grafika OpenGL i różnorodne eksportowanie plików, które razem sprawiają, że Cn3D jest potężnym narzędziem do adnotacji literatury. Cn3D jest zwykle uruchamiany z przeglądarki WWW jako aplikacja pomocnicza dla systemu Entrez NCBI, ale może być również używany jako samodzielna aplikacja.
w wersji 4 Cn3D jest teraz kompletnym edytorem wielu wyrównań i zawiera algorytmy do wyrównywania sekwencji do innych sekwencji i struktur. Możesz teraz tworzyć, a nawet dodawać adnotacje do wielu wyrównań. Cn3D jest używany jako podstawowe narzędzie do ustawiania wyrównania dla projektu CDD.