przewlekła białaczka eozynofilowa związana z PDGFRA jest spowodowana mutacjami w genie PDGFRA. Warunek ten zwykle występuje w wyniku zmian genetycznych, które łączą część genu PDGFRA z częścią innego genu. Rzadko u osób z tą chorobą występują zmiany w pojedynczych blokach DNA (mutacje punktowe) w genie PDGFRA. Zmiany genetyczne i mutacje punktowe wpływające na gen PDGFRA są mutacjami somatycznymi, które są mutacjami nabytymi podczas życia osoby, które są obecne tylko w niektórych komórkach. Mutacja somatyczna występuje początkowo w pojedynczej komórce, która nadal rośnie i dzieli się, tworząc grupę komórek z tą samą mutacją (populacja klonalna).
najczęstsza nieprawidłowość genetyczna w przewlekłej białaczce eozynofilowej związanej z PDGFRA wynika z delecji materiału genetycznego z chromosomu 4, który łączy część genu PDGFRA i część genu FIP1L1, tworząc Gen fuzyjny FIP1L1-PDGFRA.
Gen FIP1L1 dostarcza instrukcji dla białka, które odgrywa rolę w tworzeniu genetycznych planów wytwarzania białek (messenger RNA lub mRNA).
Gen PDGFRA zawiera instrukcje tworzenia białka receptorowego, które znajduje się w błonie komórkowej niektórych typów komórek. Białka receptorowe mają specyficzne miejsca, do których niektóre inne białka, zwane ligandami, pasują jak klucze do zamków. Kiedy ligand przyłącza się (wiąże), białko receptora PDGFRA jest włączane (aktywowane), co prowadzi do aktywacji szeregu białek w wielu szlakach sygnałowych. Te szlaki sygnałowe kontrolują wiele ważnych procesów komórkowych, takich jak wzrost i podział komórek (proliferacja) i przetrwanie komórek.
Gen fuzyjny FIP1L1-PDGFRA (podobnie jak inne geny fuzyjne PDGFRA) zawiera instrukcje tworzenia białka fuzyjnego, które pełni funkcję normalnego białka PDGFRA. Jednak białko fuzyjne nie wymaga aktywacji wiązania ligandem. Podobnie, mutacje punktowe w genie PDGFRA mogą spowodować powstanie białka PDGFRA, które jest aktywowane bez wiązania ligandu. W rezultacie szlaki sygnałowe są stale włączone (konstytutywnie aktywowane), co zwiększa proliferację i przeżywalność komórek. Gdy mutacja genu fuzyjnego FIP1L1-PDGFRA lub mutacje punktowe w genie PDGFRA występują w prekursorach komórek krwi, wzrost eozynofilów (i czasami innych komórek krwi, takich jak neutrofile i komórki tuczne) jest słabo kontrolowany, co prowadzi do przewlekłej białaczki eozynofilowej związanej z PDGFRA. Nie jest jasne, dlaczego eozynofile są preferencyjnie dotknięte tą zmianą genetyczną.