proces stosowania obrazowania klarowności rozpoczyna się od pośmiertnej próbki tkanki. Następnie należy zastosować serię zabiegów chemicznych w celu uzyskania przezroczystości, w których usuwa się zawartość lipidów w próbce, podczas gdy prawie wszystkie oryginalne białka i kwasy nukleinowe pozostają na miejscu. Ma to na celu uczynienie tkanki przezroczystą, a tym samym podatną na szczegółowe badanie mikroskopowe jej części funkcjonalnych (które są głównie białkami i kwasami nukleinowymi). Aby to osiągnąć, istniejąca wcześniej struktura białka musi zostać umieszczona w przezroczystym rusztowaniu, które ją zachowuje, podczas gdy składniki lipidowe są usuwane. To „rusztowanie” składa się z monomerów hydrożelowych, takich jak akrylamid. Dodanie cząsteczek takich jak formaldehyd, paraformaldehyd lub glutaraldehyd może ułatwić przyłączenie rusztowania do białek i kwasów nukleinowych, które mają być zachowane, a dodanie ciepła jest konieczne do ustalenia rzeczywistych powiązań między komponentami komórkowymi a akrylamidem.
po zakończeniu tego etapu składniki białka i kwasu nukleinowego w komórkach tkanki docelowej są utrzymywane na miejscu, podczas gdy składniki lipidowe pozostają oderwane. Lipidy są następnie usuwane przez 1-2 tygodnie biernej dyfuzji w detergencie lub przyspieszane metodami elektroforetycznymi tylko do godzin lub dni. Podczas ich przechodzenia, właściwości lipofilowe detergentu pozwalają mu zbierać i usuwać wszelkie lipidy napotkane po drodze. Barwniki lipofilowe, ponieważ DiI są usuwane, jednak istnieją kompatybilne z klarownością barwniki lipofilowe, które można przymocować do sąsiednich białek. Znaczna większość cząsteczek nie-lipidowych, takich jak białka i DNA, pozostaje nienaruszona przez tę procedurę, dzięki żelowi akrylamidowemu i właściwościom chemicznym zaangażowanych cząsteczek.
jak podano w początkowym papierze, tkanka rozszerza się podczas tego procesu, ale w razie potrzeby można przywrócić jej początkowe wymiary z końcowym etapem inkubacji w roztworze dopasowującym współczynnik załamania światła.
na tym etapie procesu próbka została w pełni przygotowana do obrazowania. Kontrast dla obrazowania może pochodzić z endogennych cząsteczek fluorescencyjnych, z nucleic acid (DNA lub RNA) etykiety, lub immunostaining, przy czym przeciwciała, które wiążą się specyficznie do określonej substancji docelowej są używane. Ponadto przeciwciała te są oznakowane znacznikami fluorescencyjnymi, które są kluczem do ostatecznego wyniku obrazowania. Standardowe konfokalne, dwufotonowe lub świetlne metody obrazowania są odpowiednie do wykrywania fluorescencji emitowanej do skali lokalizacji białka, co skutkuje końcowymi bardzo szczegółowymi i trójwymiarowymi obrazami, które wytwarza klarowność.
po tym, jak próbka została poddana immunostabilnemu obrazowi, możliwe jest usunięcie przeciwciał i ponowne zastosowanie nowych, umożliwiając w ten sposób wielokrotne obrazowanie próbki i ukierunkowanie na wiele typów białek.