wykazanie, że długotrwałe podawanie stosunkowo małych dawek klonidyny zmniejszało reakcję naczyń krwionośnych na leki rozszerzające naczynia krwionośne i leki zwężające naczynia krwionośne u zwierząt doprowadziło do badania w zapobieganiu migrenie u ludzi. Wyniki kontrolowanych placebo i otwartych badań terapeutycznych wykazały, że klonidyna w małych dawkach (75 do 150 kubków dziennie) jest przydatna w zapobieganiu migrenowym bólom głowy u około 30%-50% pacjentów. W badaniach kontrolowanych i otwartych u 40% pacjentów odnotowano zmniejszenie częstości występowania lub wskaźników bólu głowy o 50% lub więcej. Tak więc klonidyna, podobnie jak inne leki stosowane w terapii interwałowej migreny, może być skuteczna tylko u części pacjentów. Chociaż klonidyna nie była porównywana bezpośrednio z innymi lekami stosowanymi w profilaktycznym leczeniu migreny, ogólne wrażenie kliniczne jest takie, że jest mniej skuteczna niż pizotifen lub metysergid. Ponieważ jest stosunkowo dobrze tolerowany w dawkach od 75 do 150 kubków dziennie, warto poddać się badaniu, szczególnie u pacjentów uważanych za wymagających profilaktycznej terapii migrenowej po raz pierwszy, a gdy migrena występuje w połączeniu z nadciśnieniem tętniczym. W dawkach stosowanych w profilaktyce migrenowej, które są prawie zawsze niższe niż stosowane w nadciśnieniu tętniczym, klonidyna nie powoduje niedociśnienia i może być stosowana u pacjentów z chorobami układu krążenia. Głównymi działaniami niepożądanymi są senność i suchość w jamie ustnej, które zmniejszają się w miarę kontynuowania leczenia.