nie jest jasne, jak długo żyła Kleopatra V i z którymi wzmiankami o Kleopatrze Tryphaena w historycznym zapisie powinna być zidentyfikowana, ponieważ numeracja używana do rozróżnienia Ptolemeuszy jest nowoczesnym wynalazkiem. Kleopatra Tryphaena V zniknęła w czasie, gdy urodziła się Kleopatra VII( 69 pne): jej imię zaczyna znikać z pomników i papirusów, a jest papirus Ptolemeusza XII z 69 pne, który nie wspomina o niej, ale można by się tego spodziewać, gdyby nadal żyła.
istnieją pewne wskazania, że Kleopatra mogła umrzeć w 69 p. n. e. — mogła umrzeć przy porodzie lub być może została zamordowana. Jeśli rzeczywiście zmarła tak wcześnie, to Kleopatra Tryphaena, która jest wymieniona-po wygnaniu Ptolemeusza XII-jako współwładca Egiptu (wraz z Berenicą IV) w 58 i 57 pne, a zmarła około 57 pne, musi być jej córką, ponumerowaną przez niektórych historyków jako Kleopatra Vi Tryphaena. Wspiera to również Porfir.
z drugiej strony, istnieje dedykacja na świątyni Edfu z 5 grudnia 57 pne, że zapisuje Imię Kleopatry Tryphaena obok Ptolemeusza XII (który jednak nie był obecny w Egipcie w tym czasie), co oznaczałoby żonę króla, a nie córkę i byłoby mało prawdopodobne, gdyby żona Ptolemeusza XII naprawdę zmarł już dwanaście lat wcześniej. Tak więc niektórzy, choć nie wszyscy, współcześni historycy uważają Kleopatrę V za identyczną z rzekomą Kleopatrą VI Tryphaeną i utrzymują ją do ok. Byłoby to zgodne z relacją Strabo, który donosi, że Ptolemeusz XII miał tylko trzy córki; te mogą być niezawodnie zidentyfikowane jako Berenice IV, Kleopatra VII i Arsinoe IV jako córki króla, tak, że nie będzie pozostawić miejsca dla Kleopatry VI. Werner Huss zakłada, że kłótnie wybuchły między Kleopatrą V A Ptolemeuszem XII w 69 pne i że w wyniku tych sporów Kleopatra V upadł w hańbie i został zmuszony do rezygnacji.
Kleopatra V była prawdopodobnie matką Kleopatry VII. Michael Grant dochodzi do wniosku, że” ogólnie „wydaje się, że najprawdopodobniej Kleopatra V była matką Kleopatry VII, zauważając, że gdyby Kleopatra VII była nieślubna, jej” liczni rzymscy wrogowie ujawniliby to światu.”Kontynuuje, powinniśmy wykluczyć hipotezę, że Kleopatra VII została poczęta przez drugą przyszłą żonę Ptolemeusza XII, gdy Kleopatra V była na miejscu, i że jeśli ta nieznana druga żona byłaby matką Kleopatry VII, a później stała się „królową legitymizowaną”, Kleopatra VII nadal byłaby uważana za bękarta, a ” jej rzymscy wrogowie nie przegapiliby aluzji.”Duane W. Roller spekuluje, że Kleopatra mogła być córką teoretycznej pół-macedońsko-greckiej, pół-egipskiej kobiety należącej do rodziny kapłanów poświęconych Ptahowi i była „tylko technicznie nieślubna” (jednak twierdzi, że niezależnie od pochodzenia Kleopatry, najbardziej ceniła swoje Greckie dziedzictwo Ptolemejskie), ale zauważa, że jeśli ta nieznana kobieta nie była matką Kleopatry, to Kleopatra V byłaby jej matką. Część jego argumentów opiera się na wzmiance Strabo o tym, że Ptolemeusz XII miał tylko trzy córki, przy czym Berenice była jedyną prawowitą. Grant zauważa jednak, że spośród wszystkich ataków na Kleopatrę VII, nie ma wśród nich jej nieślubności i że jest ona wspomniana jedynie w przypadkowym oświadczeniu Strabo.
większość uczonych zgadza się, że Berenice IV była córką Kleopatry V. Inna żona Ptolemeusza XII mogła być matką młodszego rodzeństwa Kleopatry VII, czyli Arsinoe IV, Ptolemeusza XIII i Ptolemeusza XIV. jednak Christopher Bennett uważa, że Kleopatra V była matką wszystkich znanych dzieci Ptolemeusza XII.