Gen CIITA zawiera instrukcje tworzenia białka, które przede wszystkim pomaga kontrolować aktywność (transkrypcję) genów zwanych głównymi genami kompleksu zgodności histologicznej (MHC) klasy II. Transkrypcja jest pierwszym krokiem w produkcji białek, i CIITA jest krytyczny dla produkcji wyspecjalizowanych białek odpornościowych zwanych MHC klasy II białek z tych genów. Białko CIITA koordynuje różne białka, aby włączyć transkrypcję genu MHC klasy II i umożliwić produkcję białek MHC klasy II.
białka MHC klasy II znajdują się na powierzchni kilku typów komórek odpornościowych, w tym białych krwinek (limfocytów), które biorą udział w reakcjach immunologicznych. Białka te odgrywają ważną rolę w odpowiedzi immunologicznej organizmu na obcych najeźdźców, takich jak bakterie, wirusy i grzyby. Aby pomóc organizmowi w rozpoznawaniu i zwalczaniu infekcji, białka MHC klasy II wiążą się z fragmentami białek (peptydów) od obcych najeźdźców, dzięki czemu inne wyspecjalizowane komórki układu odpornościowego mogą z nimi wchodzić w interakcje. Kiedy te komórki układu odpornościowego rozpoznają peptydy jako szkodliwe, wyzwalają limfocyty i inne komórki odpornościowe, aby uruchomić odpowiedzi immunologiczne, aby pozbyć się obcych najeźdźców.
białko CIITA wydaje się również odgrywać rolę w wzmacnianiu transkrypcji genów MHC klasy i, które dostarczają instrukcji do wytwarzania białek układu odpornościowego zwanych białkami MHC klasy I. Podobnie jak białka MHC klasy II, białka MHC klasy I przyłączają się do peptydów obcych najeźdźców i prezentują je specyficznym komórkom układu odpornościowego. Komórki te następnie atakują obcych najeźdźców, aby pozbyć się ich z ciała. Podczas gdy białko CIITA jest w stanie pomóc w promowaniu aktywności genu MHC klasy I, nie jest głównym regulatorem tych genów. Inne białka odgrywają bardziej znaczącą rolę w ich transkrypcji.