CI-MS jest techniką spektroskopii masowej, w której analit reaguje z jonami gazu odczynnika.
w zwykłej spektrometrii masowej jonizacji elektronów, ei-MS, analit jest bombardowany energicznymi elektronami w celu wytworzenia jonów. Jony energetyczne rozpadają się na wiele produktów fragmentacji.
w spektrometrii masowej jonizacji chemicznej analit znajduje się w dużym nadmiarze gazu odczynnika, takiego jak metan, amoniak lub izobutan.
wiązka elektronów preferencyjnie jonizuje Gaz odczynnika. Zderzenia z innymi cząsteczkami gazu odczynnika tworzą plazmę jonizacyjną.
Plazma następnie reaguje z analitem tworząc jony dodatnie i ujemne.
CI jest procesem o niższej energii niż EI. Często daje mniej fragmentacji i prostsze spektrum. Widmo CI ma zwykle łatwo identyfikowalny jon cząsteczkowy.
analizując widma mas, najpierw identyfikujesz jony molekularne. Następnie dość łatwo jest zidentyfikować fragmenty.
w przypadku EI może nie być jonów molekularnych lub mogą być one zbyt słabe, aby je potwierdzić.
natomiast CI jest bardziej miękką metodą jonizacji niż EI. Rozdrobnienie jest mniej prawdopodobne, więc jony molekularne są bardziej widoczne.
na przykład cukry mogą być bardziej lotne poprzez przekształcenie ich grup OH w etery trimetylosililowe (TMS).
Roh + (CH₃)₃SiCl → RO-Si(CH₃)₃
sacharoza ma 8 grup OH.
tworzy eteru okta-TMS o wzorze cząsteczkowym Chh₈₆o₁₁si₈.
widmo EI nie wykazuje wykrywalnego jonu molekularnego.
natomiast widmo CI z amoniakiem jako gazem reagentowym wykazuje wybitny jon cząsteczkowy (M+NH₄)..