Cytrynina jest naturalnie występującą mykotoksyną, która jest wytwarzana przez gatunki grzybów Penicillium, Aspergillus i Monascus. Często występuje razem z ochratoksyną i głównie tworzy w złych warunkach przechowywania po zbiorze.
Cytrynina może występować w wielu ziarnach, takich jak fasola, owoce, oliwki, zioła i przyprawy. Często jest również wykrywany w czerwonym ryżu, który został fermentowany z grzybami pleśniowymi, który jest używany w Azji jako środek konserwujący i barwnik spożywczy. Grzyb Monascus purpureus jest używany do fermentacji czerwonego ryżu w celu wytworzenia suplementu diety (Proszek drożdżowy z czerwonego ryżu). Ze względu na działanie prozdrowotne zyskuje na znaczeniu, jednak może być zanieczyszczony cytryniną.
Rozporządzenie Komisji (UE) nr 212/2014 określa maksymalną zawartość 2000 µg/kg (ppb) cytryniny w suplementach diety na bazie ryżu, fermentowanych czerwonymi drożdżami Monascus purpureus. Wartość ta została ponownie oceniona w styczniu 2016 r. Dlatego rutynowe monitorowanie tych produktów żywnościowych jest bardzo ważne.