Ellis pracował w Bell Labs w latach 1969-1972 nad teorią prawdopodobieństwa zastosowaną do teorii obliczeń. W 1972 został adiunktem i członkiem-założycielem Wydziału Informatyki na University of Colorado Boulder, gdzie zajmował się badaniami systemów operacyjnych.
Ellis przyjął stanowisko trzy lata później jako adiunkt w EECS na MIT, aby pracować nad badaniami związanymi z ARPANET. Opuścił MIT po roku, aby rozpocząć pracę w Xerox PARC i Stanford University. Ellis pozostał na Xerox PARC i Stanford University przez prawie dekadę. W tym czasie pracował nad GRAFICZNYM interfejsem graficznym opartym na ikonach, obiektowymi językami programowania i systemami pracy grupowej. „Był częścią zespołu socjologów, psychologów i informatyków, którzy pracowali nad Alto, pierwszym na świecie komputerem osobistym (PC) i powiązanymi z nim interfejsami i oprogramowaniem. Wiele z tych innowacji z Lat 70., w których Ellis był częścią, zostało później szeroko skomercjalizowanych, na przykład w komputerze Apple Lisa i oprogramowaniu MS-DOS Microsoftu. W PARC Ellis kierował grupą badawczą Office, która opracowała pierwszy system biurowy wykorzystujący ikony i Ethernet do współpracy na odległość.”
w połowie lat 80.Ellis kierował grupą badawczą oprogramowania Groupware w Microelectronics and Computer Technology Corporation (MCC). Podczas pracy w MCC kierował pracami w zakresie edytowania opartego na współpracy w czasie rzeczywistym i był pionierem w dziedzinie transformacji operacyjnej. Na początku lat 90. Ellis opuścił MCC, aby zostać głównym architektem produktu FlowPath workflow Bull S. A. we Francji.
w 1992 roku Ellis powrócił na University of Colorado Boulder jako profesor zwyczajny z etatem na Wydziale Informatyki. Tam kontynuował pracę nad groupware, w szczególności nad Wielkoskalowymi Systemami Workflow nowej generacji i systemami wspomagania spotkań za pośrednictwem agenta. W 2009 został emerytowanym profesorem na uniwersytecie, gdzie nalegał na okresowe prowadzenie kursu wprowadzającego do informatyki, aby ” zachęcić studentów wszystkich narodowości do poszerzania swoich horyzontów.”Aby zapewnić dalsze możliwości dla studentów do kontynuowania nauki i inżynierii, Ellis” pomógł ustanowić 10-tygodniowy letni Multicultural Access to Research Training (SMART) program na Uniwersytecie.”
w 2013 r.Ellis otrzymał stypendium Fulbrighta na nauczanie i prowadzenie badań na Wydziale Informatyki Uniwersytetu Ashesi. W Ashesi, jego zainteresowania badawcze były rozwój systemów komputerowych do symulacji alternatywnych form rządu dla krajów rozwijających się.