Streszczenie
główne postępy w edycji genomu zostały ostatnio możliwe dzięki rozwojowi metod TALENA i CRISPR/Cas9. Szybkość i łatwość wdrożenia tych technologii doprowadziła do eksplozji organizmów zmutowanych i transgenicznych. Etapem ograniczającym szybkość skutecznego stosowania metod TALENA i CRISPR / Cas9 jest wybór i projektowanie konstrukcji celujących. Opracowaliśmy narzędzie online, CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), aby przyspieszyć proces projektowania. CHOPCHOP akceptuje szeroki zakres danych wejściowych (identyfikatory genów, regiony genomowe lub wklejone sekwencje) i zapewnia szereg zaawansowanych opcji wyboru celu. Wykorzystuje wydajne algorytmy wyrównywania sekwencji, aby zminimalizować czas wyszukiwania i rygorystycznie przewiduje Wiązanie poza celem pojedynczych prowadnic RNA (sgrna) i TALENs. Każde zapytanie tworzy interaktywną wizualizację genu z kandydującymi miejscami docelowymi wyświetlanymi w ich pozycjach genomowych i oznaczonymi kolorami zgodnie z wynikami jakości. Ponadto dla każdego możliwego miejsca docelowego wizualizowane są miejsca ograniczeń i kandydaci starterów, co ułatwia usprawnienie procesu generowania i walidacji mutantów. Łatwość użycia i szybkość CHOPCHOP sprawiają, że jest to cenne narzędzie do inżynierii genomu.