główna odpowiedzialność za kwestie środowiskowe spoczywa na departamencie programów środowiskowych w Ministerstwie Zdrowia i w Krajowym Biurze planowania, a także w biurze doradztwa ekologicznego w Ministerstwie Opieki Społecznej i departamencie środowiska w Ministerstwie Spraw Zagranicznych.
główne problemy środowiskowe Chile to wylesianie i wynikająca z tego erozja gleby oraz zanieczyszczenie powietrza, wody i ziemi. Zanieczyszczenie powietrza przez przemysł i transport oraz zanieczyszczenie wody są szczególnie dotkliwe w centrach miejskich, gdzie populacja podwoiła się w ciągu ostatnich 30 lat. W 1996 roku przemysłowa emisja dwutlenku węgla w Chile wyniosła 48,7 mln ton metrycznych. Nieprzetworzone ścieki stanowią główne zagrożenie dla jakości wody w kraju. W 2001 r.Chile miało 928 km odnawialnych zasobów wodnych. Podczas gdy 99% mieszkańców miast ma czystą wodę pitną, tylko 58% mieszkańców wsi ma taki sam dostęp.
zagrożone gatunki w Chile to Południowy andyjski huemul, sokół wędrowny tundry, Puna rhea, chilijski woodstar, Gęś rudogłowa i zielony żółw morski. Według stanu na rok 2001 16 gatunków ssaków w sumie 91 uznano za zagrożone. Spośród 296 gatunków ptaków lęgowych 18 było zagrożonych wyginięciem. Zagrożone były również cztery gatunki ryb słodkowodnych i 268 gatunków roślin.