wykrywanie podwójnych klas rekombinacji pokazuje, że muszą wystąpić podwójne zwrotnice.Wiedząc o tym, możemy zapytać, czy zwrotnice w sąsiednich regionach chromosomowych są niezależne lub czy zwrotnica w jednym regionie wpływa na prawdopodobieństwo wystąpienia zwrotnicy w adjacentregionie. Okazuje się, że często nie są niezależne: interakcja nazywa się interferencją.
do analizy można podejść w następujący sposób. Jeśli zwrotnice w obu regionach są niezależne, to, zgodnie z zasadą produktu (zob. s. 37), częstotliwość podwójnych kombinacji byłaby równa iloczynowi częstotliwości rekombinacji w sąsiednich regionach. W danych rekombinacji V–ct–cv wartość RF V–ct wynosi 0,132, a wartość 0,064, więc można oczekiwać podwójnych kombinacji przy częstotliwości0, 132 × ct-cv0, 064 = 0,0084 (0,84%), jeśli istnieje zależność. W próbce 1448 much oczekuje się 0,0084 × 1448 = 12 podwójnych rekombinacji.Ale dane pokazują, że faktycznie zaobserwowano tylko 8. Gdyby ten niedobór podwójnych rekombinantów był konsekwentnie obserwowany, pokazałoby nam to, że oba regiony nie są niezależne i prawdopodobnie rozkład zwrotnic faworyzuje pojedyncze kosztem podwójnych. Innymi słowy, istnieje pewien rodzaj interferencji: zwrotnica zmniejsza prawdopodobieństwo zwrotnicy w sąsiednim regionie.
interferencja jest kwantyfikowana przez pierwsze obliczenie terminu zwanego współczynnikiem koincydencji (c.o.c.), który jest stosunkiem obserwowanych do oczekiwanych podwójnych rekombinacji od 1. Stąd
Interference (I) = 1-c. o.c. =
w naszym przykładzie
w niektórych regionach nigdy nie obserwuje się podwójnych rekombinacji. W tych przypadkach c.o. C. = 0, więc I = 1 i interferencja jest kompletna. W większości przypadków wartości interferencji, które są zapisywane w mapowaniu loci chromosomowych, wynoszą od 0 do 1; jednak w pewnych szczególnych sytuacjach obserwowane podwojenia przekraczają oczekiwane, dając ujemne wartości interferencji.
Analiza rekombinacji opiera się tak mocno na trzypunktowych krzyżach testowych i ich rozszerzonych wersjach, że warto zrobić krok po kroku podsumowanie analizy, kończąc na obliczeniu interferencji. Będziemy używać wartości liczbowych z danych o loci v,ct i cv.
Obliczanie częstości rekombinacji dla każdej pary genów:
przedstawia relacje linkujące na mapie linkującej:
Oblicz oczekiwaną częstotliwość i liczbę podwójnych rekombinacji, jeśli nie ma odniesienia:
:
być może zastanawiałeś się, dlaczego zawsze używamy heterozygotycznych samic do testcrosses w naszych przykładach połączenia u Drosophila. W przypadku krzyżowania samców PR vg/pr+ VG+z samicami PR VG/pr VG odzyskuje się tylko progeny PR VG/pr+ VG+i PR VG/pr vg. Wynik ten wskazuje, że w „Drosophilamales” nie występuje krzyżówka. Jednak brak krzyżowania u jednej płci jest ograniczony do niektórych gatunków; Nie dotyczy to samców wszystkich gatunków (lub płci heterogametycznej). U innych organizmów występuje skrzyżowanie u samców XY i u samic WZ. Powodem braku krzyżowania się u samców Drosophila jest to, że mają niezwykłą profazę I, bez kompleksów synaptonemalnych.
nawiasem mówiąc, istnieje również różnica między płciami ludzkimi. Kobiety wykazują wyższe częstotliwości rekombinacji dla tego samego loci niż mężczyźni.