Cn3D Er et visualiseringsverktøy for biomolekylære strukturer, sekvenser og sekvensjusteringer. Det som skiller Cn3D fra annen programvare er dens evne til å korrelere struktur og sekvensinformasjon: for eksempel kan en forsker raskt finne rester i en krystallstruktur som tilsvarer kjente sykdomsmutasjoner, eller konserverte aktive stedsrester fra en familie av sekvenshomologer. Cn3D viser struktur-strukturjusteringer sammen med deres strukturbaserte sekvensjusteringer, for å understreke hvilke regioner av en gruppe relaterte proteiner som er mest bevart i struktur og sekvens. Også inkludert er tilpasset merking funksjoner, Høy Kvalitet OpenGL grafikk, Og en rekke fil eksport som sammen gjør Cn3D et kraftig verktøy for litteratur merknad. Cn3D kjøres vanligvis fra EN NETTLESER som et hjelpeprogram FOR NCBIS Entrez-system, men det kan også brukes som et frittstående program.
Med versjon 4 Er Cn3D nå en komplett multiple alignment editor også, og inkluderer algoritmer for å tilpasse sekvenser til andre sekvenser og til strukturer. Du kan nå opprette og selv kommentere flere justeringer. Cn3D brukes som det primære justeringsbehandlingsverktøyet FOR CDD-prosjektet.