Abstrakt
Store fremskritt innen genomredigering har nylig blitt gjort mulig med utviklingen av TALEN og CRISPR/Cas9-metodene. Hastigheten og enkel implementering av disse teknologiene har ført til en eksplosjon av muterte og transgene organismer. Et hastighetsbegrensende trinn i effektiv bruk AV TALEN og CRISPR/Cas9-metoder er valg og design av målrettingskonstruksjoner. VI har utviklet et nettbasert verktøy, CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), for å fremskynde designprosessen. CHOPCHOP aksepterer et bredt spekter av innganger (genidentifikatorer, genomiske regioner eller limte sekvenser) og gir en rekke avanserte alternativer for målvalg. Den bruker effektive sekvens justering algoritmer for å minimere søketider, og strengt spår off-target binding av single-guide RNAs (sgrnas) og TALENs. Hver spørring produserer en interaktiv visualisering av genet med kandidatmålsteder som vises på deres genomiske posisjoner og fargekodet i henhold til kvalitetspoeng. I tillegg visualiseres restriksjonssteder og primerkandidater for hvert mulig målområde, noe som letter en strømlinjeformet rørledning av mutantgenerering og validering. Enkel bruk og hastighet AV CHOPCHOP gjør DET til et verdifullt verktøy for genomteknikk.