hovedansvaret for miljøspørsmål ligger i miljøprogrammeavdelingen I Helsedepartementet og I Det Nasjonale Planleggingskontoret, samt i det økologiske rådgivningskontoret i Departementet For Nasjonal Velferd og miljødepartementet i Utenriksdepartementet.
Chiles viktigste miljøproblemer er avskoging og den resulterende jorderosjonen, og forurensningen av luft, vann og land. Luftforurensning fra industri og transport og vannforurensning er spesielt akutt i urbane sentre, hvor befolkningen har doblet seg de siste 30 årene. I 1996 utgjorde Chiles industrielle karbondioksidutslipp 48,7 millioner tonn. Ubehandlet kloakk utgjør den største trusselen mot landets vannkvalitet. Per 2001 Hadde Chile 928 cu km fornybare vannressurser. Mens 99% av byboerne har rent drikkevann, har bare 58% av innbyggerne på landsbygda samme tilgang.
Truede arter i Chile inkluderer Sør-Andes huemul, tundra vandrefalk, puna rhea, Chilensk woodstar, rødhåret gås og grønn havskilpadde. Fra 2001 ble 16 arter av pattedyr i totalt 91 ansett som truet. Av 296 hekkende fuglearter ble 18 truet med utryddelse. Også truet var fire typer ferskvannsfisk og 268 plantearter.