Le positionnement spatial est un principe fondamental régissant les processus nucléaires. La chromatine est organisée comme une hiérarchie des nucléosomes aux domaines de chromatine Mbp (CD) ou des domaines d’association topologique (TADs) à des compartiments de niveau supérieur aboutissant à des territoires chromosomiques (CT). Les techniques microscopiques et de séquençage ont prouvé que l’organisation de la chromatine était un facteur critique régulant l’expression des gènes. Par exemple, les amplificateurs retournent en boucle pour interagir avec leurs gènes cibles presque exclusivement au sein de TADs, les gènes corégulés situés distalement se repositionnent dans des usines de transcription communes lors de l’activation, et les CD Mbp présentent un mouvement dynamique et des changements de configuration in vivo. Une question de longue date dans le domaine du noyau est de savoir si une matrice nucléaire interactive fournit un lien direct entre la structure et la fonction. Les résultats du positionnement radial non aléatoire de la CT dans le noyau suggèrent la possibilité de modèles d’interaction préférentiels parmi les populations de CT. L’étiquetage séquentiel jusqu’à 10 CT suivi de l’application d’algorithmes d’imagerie par ordinateur et d’exploration de graphes géométriques a révélé des réseaux interchromosomaux (ICN) spécifiques au type cellulaire de CT qui sont modifiés au cours du cycle cellulaire, de la différenciation et de la progression du cancer. Il est proposé que le CII soit en corrélation avec le niveau mondial de régulation du génome. Ces approches ont également démontré que la topologie 3D à grande échelle de la CT est spécifique pour chaque CT. La proximité spécifique du type cellulaire de certaines régions chromosomiques dans les cellules normales peut expliquer la propension à des translocations distinctes dans les sous-types de cancer. Comprendre comment les gènes sont dérégulés lors de la perturbation du « câblage » normal du noyau par des translocations, des délétions et des amplifications caractéristiques du cancer devrait permettre des stratégies thérapeutiques plus ciblées.