Qu’est-Ce que l’ADN Circulaire Extrachromosomique et Que Fait-Il ?

On sait que l’ADN dans le noyau cellulaire est emballé sous la forme de chromosomes linéaires. Pendant de nombreuses années, les chercheurs ont observé de plus petites longueurs d’ADN à côté des chromosomes organisés en formes circulaires. Certaines de ces particules, qui ont été appelées ADN circulaire extrachromosomique (ECCDNA) ou MICRODNA, sont généralement petites (< 1 kb), clairsemées en gènes et non amplifiées. L’abondance totale d’ADNEC dans les cellules peut atteindre quelques centaines par cellule. Les molécules d’ADNEC sont également présentes dans la circulation sous forme cellulaire et offrent la possibilité de servir de biomarqueurs à base de sang. Dans les tumeurs, un autre type d’ADN circulaire extrachromosomique peut être détecté, qui semble être exclusif aux cellules cancéreuses. Auparavant appelées minutes doubles, mais maintenant appelées ADN extrachromosomique (ADNc) car ce ne sont généralement pas des doublets, ces particules d’ADNc sont souvent de très grande taille (taille moyenne 1.3 Mb), fortement amplifié avec de nombreuses copies par cellule, et contenant de nombreux gènes et régions régulatrices, avec un enrichissement marqué pour les oncogènes. Fait important, dans les cellules cancéreuses, les ECDNA semblent être plus actifs sur le plan transcriptionnel que leurs homologues chromosomiques et ont été soupçonnés de conférer un avantage de croissance et de survie aux cellules cancéreuses. À l’heure actuelle, la relation entre l’ADNc dans les cellules normales et l’ADNc dans le cancer, s’il y en a un, n’est pas comprise. Étant une forme si énigmatique de matériel génétique, nous avons posé des questions sur les ECCDNA et les ECDNA à un groupe d’experts dans le domaine qui ont étudié les facettes des ECCDNA et des ECDNA, allant de leurs propriétés biophysiques, mécanismes de production, rôles physiologiques, rôles en biologie du cancer et potentiel diagnostique.

Que font les eccDNAs ? Quelle a été la plus grande surprise pour vous à propos de l’adnECC jusqu’à présent?

Anton Hensson: L’ADNc est un véhicule pour les amplifications proto-oncogènes dans le cancer. Cela est connu depuis un certain temps. Ce qui était surprenant, c’est la fréquence de l’adNEC dans le cancer et la capacité de l’adNEC à former des structures très complexes, y compris des parties de différents chromosomes, ainsi que leur capacité à se réinsérer dans le génome.

Paul Mischel : Je vais concentrer mes commentaires sur mon domaine de recherche, l’ADNc dans le cancer. La plus grande surprise, pour moi, est le rôle critique que joue l’ADNc dans le cancer humain. Nos données suggèrent que l’ADNc joue un rôle essentiel dans le comportement agressif de certaines des formes les plus malignes de cancers grâce à au moins trois mécanismes d’entrelacement: 1) parce que les ECDNA manquent de centromères, ils sont soumis à une hérédité non mendélienne (c’est-à-dire nonchromosomique), ce qui permet aux tumeurs d’atteindre un nombre de copies oncogènes très élevé tout en maintenant une hétérogénéité génétique intratumorale; 2) l’hétérogénéité génétique intratumorale générée par ce mécanisme d’hérédité permet aux tumeurs d’évoluer rapidement en réponse à des conditions changeantes, y compris les traitements, ce qui explique la capacité remarquable de certains cancers à modifier leurs génomes à des taux qui ne peuvent pas être expliqués par l’hérédité chromosomique; 3) le niveau élevé de matrice d’ADN atteint par l’héritage et la sélection non mendéliens, couplé à l’organisation altérée de la chromatine générée par l’architecture circulaire que nous avons démontrée (identifiée dans les travaux menés en étroite collaboration avec le Dr Howard Chang), entraîne une transcription massive des oncogènes. Pris ensemble, ces caractéristiques commencent à expliquer pourquoi certains cancers semblent exploser et changer génomiquement, pourquoi ils ne subissent pas de balayages sélectifs purs, et pourquoi n’importe quelle cellule de la tumeur semble être capable de récapituler l’ensemble de la tumeur, avec son spectre complet d’hétérogénéité, dans certains types de cancer. Il fournit également un aperçu des raisons pour lesquelles les thérapies ciblées contre les oncogènes amplifiés sur l’ADNc n’ont pas été aussi efficaces que prévu.

Anindya Dutta: Les ECCDNA longs visibles dans les cancers par caryotypage, également appelés minutes doubles ou ECDNA, sont connus pour transporter des oncogènes amplifiés pour favoriser les cancers. Des résultats récents suggèrent qu’il existe une grande population d’ECCDNA plus petits, < 1000 pb de long qui constituent 90% de l’eccDNA dans les cellules normales et les lignées de cellules cancéreuses. Les cellules cancéreuses contiennent également des ECDNA plus longs, pas toujours visibles par caryotypage, dont la taille varie de 1 kb à celle de deux minutes. Les cercles suffisamment longs pour contenir des gènes complets peuvent surexprimer les gènes et les amplifier. Ceci est très important pour les cancers contenant des ECDNA longs. La fonction des petits cercles n’est pas claire, mais nous avons montré qu’ils peuvent exprimer des ARN de manière dérégulée, et que les ARN sont transformés en microARN et en petits ARN interférents pour réprimer les gènes cellulaires.

Pour moi, la plus grande surprise reste notre découverte originale de l’omniprésence des ECCDNA, même dans les tissus normaux et du fait que la plupart d’entre eux sont somatiquement mosaïques (différents entre les différentes cellules) même dans les cancers. Ce n’est que lorsqu’ils donnent un avantage sélectif aux cellules, comme le font les ECCDNA porteurs d’oncogènes dans les cancers, que le même eccDNA est observé dans de nombreuses cellules d’un cancer.

Birgitte Regenberg: Pour trouver cela: 1) L’eccDNA est un élément génétique commun dans les cellules eucaryotes, 2) L’eccDNA peut provenir de toutes les parties des génomes eucaryotes, 3) la sélection peut conduire à une co-amplification d’activateurs et d’oncogènes sur l’eccDNA complexe dans les tumeurs, 4) certains loci semblent former l’eccDNA de manière récurrente et à un taux élevé dans la levure (CUP1 et HXT6 HXT7). Ce dernier résultat est vraiment intéressant, car il suggère que l’eccDNA peut jouer un rôle important dans l’évolution en fournissant une adaptation rapide aux changements de l’environnement (haute cupper, CUP1, et faible glucose, HXT6 HXT7).

Dennis Lo: Mon groupe s’est d’abord intéressé à l’ADNc lorsque nous avons commencé à rechercher des molécules d’ADN circulaires dans le plasma humain. Notre voyage a commencé par l’étude de l’ADN mitochondrial (ADNmt), qui existe à l’intérieur d’une mitochondrie sous la forme d’un morceau circulaire de molécule d’ADN d’environ 16 kb. Nos résultats ont démontré que des molécules d’ADNmt circulaires et linéaires existent dans le plasma humain. Une surprise de ce travail est notre démonstration que les molécules d’ADNmt circulaires et les molécules d’ADNmt linéaires ont des tissus d’origine différents. Par conséquent, les molécules d’ADNmt circulaires proviennent principalement du système hématopoïétique, tandis que les molécules d’ADNmt linéaires proviennent principalement du foie.

Depuis, nous avons étendu nos travaux à la recherche de l’ADNEC dans le plasma. En particulier, nous avons démontré que les molécules d’ADNEC foetal sont détectables dans le plasma des femmes enceintes. Notre groupe s’intéresse depuis de nombreuses années à la distribution de la taille de l’ADN circulant. Il est intéressant de noter que les molécules d’ADNEC dans le plasma maternel (avec des pics de taille proéminents à 202 pb et 338 pb) ont une distribution de taille plus longue que les molécules d’ADN linéaires (taille modale à 166 pb). Nos travaux antérieurs sur les molécules d’ADN linéaires dans le plasma ont démontré que les molécules d’ADN fœtal linéaires dans le plasma maternel ont une distribution de taille légèrement plus courte que les molécules d’ADN linéaires d’origine maternelle. Une autre surprise de nos travaux est que nous avons observé une brièveté similaire des molécules d’eccDNA fœtal circulantes par rapport à celles d’origine maternelle.

Quelle est votre hypothèse préférée concernant le mécanisme de production des ECCDNA au sein des cellules? Quelles preuves existe-t-il pour étayer cette hypothèse?

Anindya Dutta: Je pense que les ECCDNA sont produits comme un sous-produit de la réparation de l’ADN. La principale preuve en est qu’ils sont augmentés par des agents qui augmentent les dommages à l’ADN, et nous avons signalé que certains gènes de réparation de l’ADN tels que MSH3 (impliqués dans la réparation des discordances) sont nécessaires pour produire des ECCDNA.

Birgitte Regenberg: Je suis favorable à un modèle dans lequel toute forme de lésion de l’ADN peut potentiellement conduire à une circularisation de l’ADN par le biais des mécanismes connus de réparation de l’ADN. Cela implique leur formation par recombinaison homologue, microhomologie et jonction d’extrémité non homologue avec d’autres voies de réparation de l’ADN. La plupart de nos preuves sont basées sur l’homologie autour du point de rupture chromosomique qui a conduit à l’ADNEC, et je pense que des études sur les mutants sont encore nécessaires pour établir la causalité. La réplication pourrait également produire de l’ADN circulaire, comme expliqué dans le modèle d’amplification à Répétition Inversée dépendant de l’origine (de Maitreya Dunham), mais nous devons encore explorer l’importance de ce mécanisme. Outre les processus aléatoires, quelques cercles se forment par recombinaison dirigée (les cercles d’excision des récepteurs des lymphocytes T) et par rétro-transposition lorsque l’ADNc à répétition terminale longue résulte de la circularisation de l’ADN linéaire extrachromosomique au cours du cycle de vie transpositionnel des rétrotransposons.

Anton Henssen: Sur la base de la littérature publiée et de nos propres observations, je crois qu’il pourrait y avoir de nombreux mécanismes différents contribuant à la génération d’ADNEC. L’EccDNA peut être créé par des processus catastrophiques de réarrangement du génome tels que la chromothripsie, mais il existe également d’autres processus d’instabilité génomique qui peuvent contribuer à leur formation.

Paul Mischel: Encore une fois, je vais concentrer mes réponses sur l’ADNc dans le cancer. Il existe une vue historique de la formation de l’ADNc, ou à cette époque appelée formation à deux minutes, dans laquelle quelque chose se produit qui entraîne l’élimination d’une portion d’ADN de son emplacement chromosomique natif, suivie d’une réplication et d’une amplification sous forme d’ADNc. Des chercheurs, dont Robert Schimke, Geoff Wahl, Nicholas Vogt et Bernard Malfoy, entre autres, ont contribué à ces connaissances. Les mécanismes moléculaires précis, leur relation avec d’éventuelles anomalies dans les dommages à l’ADN et le système de réponse, restent incomplets. C’est un domaine de recherche actif, y compris dans notre laboratoire. De plus, David Pellman et d’autres avaient suggéré que la chromothripsie, qui se produit lorsqu’un chromosome en retard se « coince », placé dans un micronoyau et haché efficacement, pourrait potentiellement former un ADNc. Des travaux expérimentaux récents de Peter Ly et Don Cleveland, dans lesquels ils ont conçu un chromosome Y chromothriptique, suggèrent que la chromothripsie peut entraîner la formation d’ADNc en tant que mécanisme d’amplification génique. Par conséquent, il est tout à fait possible que de multiples mécanismes puissent conduire à la formation d’ADNc, qui est ensuite actionnée par la sélection. Il sera important de développer une compréhension mécaniste plus profonde des processus qui contribuent à la formation de l’ADNc.

Dennis Lo: Dans nos travaux d’analyse de la distribution de la taille impliquant des molécules d’ADNEC dans le plasma maternel, nous avons observé un certain nombre de preuves révélatrices de signatures nucléosomiques. Par exemple, nous avons observé une périodicité de 10 pb dans la distribution de taille au voisinage des pics de taille proéminents de 202 pb et 338 pb. Notre conjecture est que la taille de 202 pb est approximativement celle d’un noyau de nucléosome plus deux lieurs, tandis que la taille de 338 pb est approximativement celle de deux noyaux de nucléosomes plus deux lieurs. Une autre observation notable est que parmi les molécules d’adnCEC les plus fréquemment observées dans le plasma maternel, nous avons observé quatre ensembles de motifs trinucléotidiques au site jonctionnel d’une molécule d’adnCEC. Sur un tel site, les premier et troisième motifs sont des répétitions directes, tandis que les deuxième et quatrième sont un autre ensemble de répétitions directes. Nous espérons que ces observations contribueront à une meilleure compréhension du mécanisme de production de l’adnECC. Nous comprenons parfaitement que nous ne disposons pas de toutes les informations pour construire un modèle complet, mais nous pensons que le domaine dans son ensemble avance vers cela.

Que sait-on des ECCDNA et du cancer? De quelle manière les ECCDNA contribuent-ils aux propriétés malignes des cellules cancéreuses?

Paul Mischel : Nous avons appris ce qui suit: 1) Les ECDNA semblent être exclusifs au cancer, ou du moins, nous ne l’avons pas encore vu dans les cellules normales, 2) Les ECDNA entraînent un nombre élevé de copies d’oncogènes et maintiennent une hétérogénéité génétique intratumorale grâce à leur mécanisme d’hérédité non mendélienne et nonchromosomique; 3) Les ECDNA, en raison de ce mécanisme d’hérédité, peuvent modifier rapidement leurs génomes, y compris pour échapper aux thérapies; 4) le niveau élevé de modèle d’ADN de l’ecDNA, couplé à l’architecture modifiée de la chromatine, entraîne une transcription massive de l’oncogène et peut remodeler le épigénome de manière à contribuer à la tumorigenèse.

Anton Henssen: L’ADNc n’est pas seulement un véhicule pour l’amplification des oncogènes, mais peut également contribuer au remodelage du génome par sa réintégration dans le génome linéaire. Nous avons montré que la réintégration circulaire de l’ADN entraîne une perturbation des régions génomiques fonctionnellement importantes et que cette perturbation pourrait contribuer à de nombreuses caractéristiques malignes des cellules cancéreuses.

Birgitte Regenberg: Nous savons que l’amplification d’un certain nombre d’oncogènes sur l’adnCEC est en corrélation avec le cancer, et les patients atteints de cancer avec certaines amplifications de l’adnCEC ont un mauvais pronostic. La surexpression d’oncogènes tels que MYC et EGFR sur l’eccDNA est susceptible de reprogrammer les cellules et d’induire l’état tumorigène.

Anindya Dutta: Les cercles des cancers sont plus longs que ceux des cellules normales, et il a été suggéré qu’ils portent un nom différent: ECDNA. Nous savons maintenant qu’ils sont présents dans presque tous les cancers mais qu’ils ne sont pas assez grands pour être détectables en deux minutes par cytogénétique. Les ECDNA longs portent des gènes complets, et lorsque ces gènes sont des oncogènes ou des gènes moteurs du cancer, les ECDNA permettent leur surexpression et leur amplification. Par exemple, les ECDNA portent les oncogènes suivants: l’oncogène MDM2 (découvert à l’origine en une double minute) inactive le suppresseur de tumeur p53, tandis que l’oncogène EGFR rend les cellules du gliome et du glioblastome hyper sensibles à l’EGF. Étant donné que les ECDNA ne sont pas séparés de manière égale entre les cellules filles, la distribution aléatoire des cercles entre les cellules filles permet à certaines filles d’obtenir plus de copies des cercles et d’obtenir ainsi un avantage de croissance en exprimant davantage d’un oncogène codé. Ainsi, l’héritage non mendélien des cercles d’ADN permet à la cellule cancéreuse d’amplifier plus facilement les cercles qui confèrent au cancer un avantage de croissance.

Pensez-vous que les ECCDNA pourraient servir de biomarqueurs pour l’évaluation de la maladie, de quelles manières et comment?

Dennis Lo: Je pense que les molécules d’ADNEC dans le plasma seraient une direction intéressante pour la recherche sur les biomarqueurs. Un défi est que leur concentration globale semble être sensiblement inférieure à celle des molécules d’ADN linéaires dans le plasma. La grande distribution de la taille des molécules d’ADNEC dans le plasma présente l’avantage que des molécules plus longues porteraient potentiellement plus d’informations génétiques et épigénétiques à partir du tissu d’origine.

Anindya Dutta: Nous avons déjà montré que les ECCDNA sont 1) libérés dans le sang à partir de tumeurs et du fœtus et 2) peuvent être détectés et quantifiés dans le pool d’ADN circulant sans cellules. Parce qu’ils sont plus longs (moyenne : 250 bases) que l’ADN circulant libre de cellules linéaires (moyenne: 150 bases) et des ECCDNA plus stables et sans cellules circulantes pourraient être utiles pour détecter des mutations dans les oncogènes (dans les cancers) ou pour détecter des mutations dans des gènes importants sur le plan du développement (pour des tests prénataux non invasifs). La taille plus longue des cercles observés dans les cancers par rapport aux tissus normaux peut également être utile comme outil de dépistage dans la biopsie liquide des cancers.

Birgitte Regenberg : Oui, je pense que l’ADNc peut potentiellement servir de biomarqueur pour un certain nombre de maladies liées à la mutation et à la réorganisation génomique. L’AdnCEC du gène du récepteur des lymphocytes T est déjà utilisé pour la détection de la maladie d’immunodéficience combinée sévère et des données récentes ont montré que l’adnCEC d’un fœtus peut être détecté dans le plasma de la mère. Il semble probable que d’autres adnCEC dans le plasma puissent servir de marqueurs pour la surveillance des cancers, bien que la concentration d’adnCEC dans le plasma soit probablement limitative.

Anton Henssen: En oncologie pédiatrique, l’ADNc sous forme de chromosomes à deux minutes contenant du MYCN est déjà un biomarqueur établi pour l’évaluation du risque clinique chez les patients atteints de neuroblastome. Je crois que de même, d’autres ECDNA pourraient servir de biomarqueurs pour diverses propriétés de la maladie dans de nombreuses entités tumorales.

Paul Mischel: Oui, il existe de nombreuses données qui suggèrent que l’ADNc pourrait être un biomarqueur de types de cancer plus agressifs et pourrait fournir de nouveaux renseignements sur la capacité de certains cancers à évoluer si rapidement, y compris en réponse à des thérapies. Il existe également des raisons impérieuses de penser que les patients dont les cancers sont provoqués par l’ADNc peuvent avoir besoin d’être traités d’une manière différente.

Quelle est votre approche préférée pour analyser l’ADNEC et quels en sont les avantages ?

Birgitte Regenberg: La plupart des eccDNA existent en faible nombre de copies et ne sont pas capturés par séquençage du génome entier. Pour mesurer l’ADNc à copie haute et basse, mon laboratoire a développé des méthodes pour isoler, séquencer et assembler l’ADNc (Circle-Seq et Circle-Map, en collaboration avec L. Maretty, D. Botstein et M. Mohiyuddin). Ces méthodes nous permettent de profiler l’ADNEC à travers les génomes dans n’importe quelle cellule et condition données. Nous pouvons ainsi mieux comprendre comment l’ADNEC est corrélé avec l’âge et la maladie (collaborations avec J.S. Johansen et Y. Lou), et au niveau de base comprendre comment ils se forment, évoluent et périssent dans une population de cellules.

Anindya Dutta: Mon laboratoire a principalement utilisé l’amplification par cercle roulant de cercles résistants aux exonucléases avec des hexamères aléatoires suivis d’un séquençage par paires (Circle-Finder) pour identifier les jonctions caractéristiques des cercles. Étant donné que la plupart des expériences en génomique n’incluent pas l’amplification des cercles roulants, nous ne pouvons pas réanalyser les données génomiques générées par d’autres groupes pour identifier les cercles. Cependant, récemment, nous avons montré que le dosage de la chromatine accessible par Transposase utilisant le séquençage (moins cher) ou le séquençage du génome entier (beaucoup plus cher) peut détecter des cercles d’ADN. Nous espérons que ces techniques plus largement utilisées permettront d’identifier des cercles dans des ensembles de données déjà existants. De plus, un article récent de Dennis Lo et de ses collègues montre que les cercles peuvent être détectés par digestion avec des enzymes de restriction de coupe communes et par séquençage des fragments pour les jonctions.

Dennis Lo: Nous traiterions d’abord l’ADN plasmatique avec une exonucléase qui éliminerait une grande partie des molécules d’ADN linéaires de l’échantillon. Ensuite, nous ouvrions les cercles, en utilisant des enzymes de restriction ou une transposase, pour former des molécules d’ADN linéaires pour une analyse plus approfondie (par exemple, le séquençage de l’ADN). Nous pensons que la méthode basée sur la transposase présente l’avantage que, contrairement à l’approche basée sur l’enzyme de restriction qui nécessite l’existence d’un site de reconnaissance de l’enzyme de restriction au sein de la molécule d’adnCEC, la méthode transposase peut potentiellement agir sur n’importe quelle molécule d’adnCEC.

Paul Mischel: Mon collègue Vineet Bafna a développé une puissante trousse d’outils, comprenant Amplicon Architect et Amplicon Reconstructor pour analyser la structure de l’ADNc. En fait, des travaux en cours avec le Dr Bafna et le Dr Verhaak sont en cours pour mieux analyser l’ADNc dans des bases de données de séquençage du génome entier accessibles au public. De plus, en étroite collaboration avec nos collègues Drs Howard Chang et Bing Ren, nous utilisons des aspects de la trousse d’outils « épigénétique » pour caractériser l’ADNc dans le cancer.

Anton Henssen: Nous aimons isoler et séquencer spécifiquement l’ADNc avec un séquençage à lecture longue, ce qui offre la possibilité de cartographier avec précision la structure de l’ADNc.

Quelles sont les questions de recherche liées à l’adnCEC que vous avez le plus hâte d’explorer?

Paul Mischel : Nous sommes très intéressés par la compréhension d’un certain nombre de questions critiques liées à l’ADNc, non classées par ordre d’importance. Premièrement, comment se forme l’ADNc et quels sont les principaux « acteurs » moléculaires impliqués dans sa formation? Deuxièmement, quels sont les mécanismes moléculaires impliqués dans la maintenance et la fonction de l’ADNc? Différents composants sont-ils utilisés ? Les mêmes composants sont-ils utilisés différemment ? Troisièmement, quelles sont les implications cliniques pour les patients? L’ADNc peut-il être utilisé pour nous dire quelque chose d’important sur l’évolution clinique? Quatrièmement, pouvons-nous trouver des points d’intervention qui peuvent être utilisés pour développer de nouveaux traitements qui aideront les patients dont les cancers sont entraînés par l’ADNc?

Anton Henssen: En tant que médecin scientifique, je suis très impatient d’explorer les possibilités d’utiliser notre compréhension de l’ADNc pour trouver de nouvelles approches diagnostiques et thérapeutiques pour les patients souffrant de cancers provoqués par l’ADNc.

Dennis Lo: J’aimerais explorer la capacité de l’ADNEC dans le plasma maternel à détecter ou à surveiller les troubles associés à la grossesse (par exemple, la prééclampsie). Je suis également intéressé par le développement d’approches plus récentes et potentiellement plus complètes pour l’analyse de l’adnECC. Je suis conscient que les méthodologies actuellement disponibles peuvent présenter un certain biais dans certains sous-ensembles de molécules d’adnCEC en circulation.

Anindya Dutta: Je veux trouver les fonctions des ECCDNA présentes dans les cellules normales. Parce qu’ils sont si omniprésents et somatiquement mosaïques, il sera très excitant qu’ils contribuent à l’hétérogénéité inter-cellulaire dans les tissus normaux ou contribuent à une forme de pathologie. Je veux également définir quelles voies sont impliquées dans la formation des cercles dans les cellules normales et cancéreuses, dans l’espoir que l’interférence avec ces voies dans les cancers nous permettra d’aider à éliminer les cancers des loci potentiels d’amplification génique et ainsi aider à la thérapie. Enfin, je souhaite voir l’adoption du séquençage de l’ADNEC dans les biopsies liquides de cancers et dans les tests prénataux non invasifs de maladies génétiques chez le fœtus.

Birgitte Regenberg: En plus de comprendre comment l’ADNc peut contribuer à la variation génétique et à l’évolution des génomes eucaryotes, je suis impatiente de comprendre comment l’ADNc est formé et maintenu dans un génome. Quatre facteurs sont susceptibles de déterminer le renouvellement d’un ADN circulaire dans une lignée cellulaire: la vitesse à laquelle il se forme à partir de son locus chromosomique, sa capacité à se répliquer, son mode de ségrégation, ainsi que l’avantage ou le désavantage de croissance qu’il procure à sa cellule hôte. De plus, les cellules eucaryotes peuvent potentiellement avoir des mécanismes pour dégrader ou sécréter l’eccDNA. Ceci est particulièrement important pour les cellules méiotiques des organismes multicellulaires, car l’ADNEC dans la lignée germinale pourrait avoir d’importants effets négatifs dans la génération suivante. Des données récentes provenant de levures suggèrent que les cellules méiotiques ont en effet développé des mécanismes pour séquestrer un sous-ensemble d’adnCEC (du laboratoire d’Ercal à Berkley), et il semble probable qu’il en soit de même pour les cellules germinales d’organismes multicellulaires tels que les humains.

Contributions des auteurs

Tous les auteurs ont confirmé avoir contribué au contenu intellectuel de cet article et avoir satisfait aux 4 exigences suivantes: (a) contributions significatives à la conception et à la conception, à l’acquisition de données ou à l’analyse et à l’interprétation de données; (b) la rédaction ou la révision de l’article pour le contenu intellectuel; (c) l’approbation finale de l’article publié; et (d) l’accord pour être responsable de tous les aspects de l’article, garantissant ainsi que les questions relatives à l’exactitude ou à l’intégrité de toute partie de l’article sont examinées et résolues de manière appropriée.

Divulgations d’auteurs ou Conflits d’intérêts potentiels

Lors de la soumission du manuscrit, tous les auteurs ont rempli le formulaire de divulgation d’auteur. Divulgations et/ou conflits d’intérêts potentiels :

Emploi ou leadership

R.W.K. Chiu, Chimie clinique, AACC; Y.M.D. Lo, Chimie clinique, AACC, DRA Limited, Holdings Take2.

Rôle de consultant ou de conseil

R.W.K. Chiu, Grail; Y.M.D. Lo, Grail, Decheng Capital; P. Mischel, Boundless Bio, Inc.

Actionnariat

R.W.K. Chiu, Grail, DRA Limited, Take2 Holdings; Y.M.D. Lo, Grail, DRA Limited, Take2 Holdings; P. Mischel, Boundless Bio, Inc.

Honoraires

Aucun déclaré.

Financement de la recherche

R.W.K. Chiu, Grail; A. Dutta, National Institutes of Health; Y.M.D. Lo, Graal, Programme de recherche thématique du Conseil des Subventions de recherche de Hong Kong T12-403/15N et T12-401/16W.

Témoignage d’experts

Aucun déclaré.

Brevets

R.W.K. Chiu, PCT/CN2020/081066; A. Dutta, USA PPA 62832443; Y.M.D. Lo, Brevets multiples et demandes de brevets dans des applications diagnostiques d’ADN sans cellules; P. Mischel, SD-2019-149-1 , D-2019-149-2 , D-2019-149-3 .

Autre rémunération

A. Dutta, Conférence de recherche Gordon, Laboratoire de Cold Spring Harbor, Académie de Bosnie-Herzégovine, École de médecine de Shenzhen.

Abréviations non standard

• ADNEC

  ADN circulaire extrachromosomique

• adNEC

  ADN extrachromosomique

• ADNmt

  ADN mitochondrial