- Port cMonkey2-Python de l’algorithme de biclustering cMonkey
- Description
- Documentation
- Contact
- Installation
- En exécutant cmonkey2
- Utilisation directement depuis le référentiel source
- Utilisation d’une image Docker
- Configuration système requise
- Exécution des tests unitaires
- Exécution de cmonkey2
- Test exécuté avec Halobacterium Salinarum
- Démarrer l’application de surveillance basée sur python
- Une autre façon d’exécuter Halobacterium est de spécifier la base de données RSAT
- Exécution de cMonkey sur un humain
- Plus de détails pour exécuter cMonkey sur des données humaines
- Responsables de paquets
- Général
- Distribution de construction
- Téléchargement sur PyPI
Port cMonkey2-Python de l’algorithme de biclustering cMonkey
Description
Il s’agit de l’implémentation Python de l’algorithme cMonkey basé sur l’implémentation originale de R par David J. Reiss, Institute for Systems Biology.
Documentation
Un ensemble complet de documentation pour l’installation et l’exécution de cMonkey se trouve sur les pages Github du projet.
Il existe également des groupes de discussion de développeurs et d’utilisateurs.
Contact
Veuillez signaler tous les bogues ou autres problèmes à l’aide du suivi des problèmes. Veuillez adresser toutes vos questions aux groupes de discussion des développeurs ou des utilisateurs.
Installation
La méthode recommandée consiste à installer cmonkey2 via pip
pip install cmonkey2Cela installera les outils cmonkey2 et cm2view dans votre environnement python. Veuillez noter que vous devrez installer MEME manuellement à partir de http://meme-suite.org/
En exécutant cmonkey2
Le moyen le plus simple d’exécuter l’outil (si toutes les données sont disponibles en RSAT et STRING):
$ cmonkey2 --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>Pour afficher les options disponibles:
bin/cmonkey2.sh --helpPour exécuter l’exemple d’organisme:
bin/cmonkey2.sh --organism hal --rsat_base_url http://networks.systemsbiology.net/rsat example_data/hal/halo_ratios5.tsvUtilisation directement depuis le référentiel source
Voici les instructions pour utiliser cmonkey2 directement dans le référentiel source
Utilisation d’une image Docker
PreCyte a rendu une image Docker basée sur cmonkey2 disponible sur son compte github
https://github.com/PreCyte/cMonkey2-docker/
Configuration système requise
cMonkey2 a été testé et fonctionne sur toutes les versions récentes testées de Linux (y compris celles basées sur Debian et RPM) et les versions récentes de Mac OS X. Les dépendances supplémentaires incluent:
- Développé et testé avec Python 2.7.x et Python 3.x
- scipy >= 0.9.0
- numpy >= 1.6.0
- biopython >= 1.63
- Belle Soupe >= 4
- D >= 2.14.1
- rpy2 >= 2.2.1
- MÈME 4.3.0 ou > = 4.8.1 (4.12.0 non encore pris en charge, actuellement travaillé)
- csh (pour exécuter MÈME)
- pandas
- sqlalchemy et sqlalchemy-utils
- svgwrite
pour le MEME 4.3.0 ou > = 4.8.1 (4.12.0 non encore pris en charge, actuellement travaillé)
pour exécuter les tests unitaires (facultatif):
- python-xmlrunner
pour exécuter l’application Web de surveillance et de visualisation interactive (en option):
- CherryPy 3
- Jinja2
- python-routes
Exécution des tests unitaires
bin/run_tests.shExécution de cmonkey2
En général, vous devriez pouvoir exécuter cmonkey2 sur des rapports d’expression génétique microbienne avec
bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>Le fichier peut être dans votre système de fichiers ou une URL Web.
Après le démarrage du programme, un fichier journal sera écrit dans cmonkey.journal. Vous pouvez voir toutes les options disponibles avec
bin/cmonkey2.sh --helpTest exécuté avec Halobacterium Salinarum
Il existe un script de démarrage pour que cMonkey exécute le système intégré actuel
bin/cmonkey2.sh --organism hal example_data/hal/halo_ratios5.tsvDémarrer l’application de surveillance basée sur python
bin/cm2view.sh ]Une autre façon d’exécuter Halobacterium est de spécifier la base de données RSAT
bin/cmonkey2.sh --organism hal --rsat_organism Halobacterium_NRC_1_uid57769 --rsat_base_url http://pedagogix-tagc.univ-mrs.fr/rsat --rsat_features gene --nooperons --use_BSCM example_data/hal/halo_ratios5.tsvExécution de cMonkey sur un humain
Pour exécuter cMonkey sur des données humaines, exécutez le code suivant avec votre propre fichier <ratios.tsv>
bin/cmonkey2.sh --organism hsa --string <stringFile> --rsat_organism Homo_sapiens_GRCh37 --rsat_URL http://rsat.sb-roscoff.fr/ --rsat_features protein_coding --nooperons <ratios.tsv>Plus de détails pour exécuter cMonkey sur des données humaines
L’exécution de cMonkey sur des données humaines est quelque peu difficile parce que ni la base de données de chaînes ni la base de données RSAT ne contiennent de données humaines proprement entrées. Voici les étapes pour une cMonkey python réussie exécutée sur un humain
- Créer un fichier d’interaction génétique. L’exemple de fichier de données mentionné ci-dessus a été généré à partir de Biogrid vers le 10/6/14.
- Trouvez un miroir RSAT qui a .fichiers chromose bruts et fichiers de fonctionnalités. Dans l’exemple ci-dessus, nous utilisons Homo_sapiens_ensembl_74_GRCh37 de la base de données RSAT principale. Pour les annoter, nous utilisons ‘protein_coding.tab’et ‘protein_coding_names.tab’. En principe, d’autres fichiers d’annotation tels que ‘processed_transcript’ fonctionneraient tout aussi bien.
- Ajustez la région en amont recherchée, et peut-être modifiez le code pour rechercher des motifs de TF et de miARN connus plutôt que des motifs de novo. REMARQUE: Modifier l’étape de recherche de motif n’est pas trivial.
Responsables de paquets
Général
La distribution est construite à l’aide de setuptools et du format de roue
- setup.py contient toutes les informations nécessaires pour construire la distributionaugmenter le numéro de version avant de faire une distribution
- enregistrer les modifications pertinentes pour l’utilisateur dans le JOURNAL des MODIFICATIONS.rst
Distribution de construction
python3 setup.py sdist bdist_wheel
Téléchargement sur PyPI
téléchargement de ficelle -r pypi dist/cmonkey2-*