Cn3D est un outil de visualisation des structures biomoléculaires, des séquences et des alignements de séquences. Ce qui distingue Cn3D des autres logiciels, c’est sa capacité à corréler les informations de structure et de séquence: par exemple, un scientifique peut rapidement trouver les résidus dans une structure cristalline qui correspondent à des mutations de maladies connues, ou des résidus de sites actifs conservés d’une famille d’homologues de séquence. Cn3D affiche les alignements structure-structure ainsi que leurs alignements de séquence basés sur la structure, pour souligner quelles régions d’un groupe de protéines apparentées sont les plus conservées dans la structure et la séquence. Sont également inclus des fonctionnalités d’étiquetage personnalisées, des graphiques OpenGL de haute qualité et une variété d’exportations de fichiers qui, ensemble, font de Cn3D un outil puissant pour l’annotation de la littérature. Cn3D est généralement exécuté à partir d’un navigateur WWW en tant qu’application d’assistance pour le système Entrez de NCBI, mais il peut également être utilisé comme application autonome.
Avec la version 4, Cn3D est également un éditeur d’alignement multiple complet, et inclut des algorithmes pour aligner des séquences sur d’autres séquences et sur des structures. Vous pouvez désormais créer et même annoter plusieurs alignements. Cn3D est utilisé comme outil de curation d’alignement principal pour le projet CDD.