En 1949, Kluckhohn a commencé à travailler parmi cinq communautés adjacentes du Sud-Ouest: les Homesteaders Zuni, Navajo, Mormon (LDS), Hispano-Américain (Américano-Mexicain) et Texan Une approche méthodologique clé qu’il a développée avec sa femme Florence Rockwood Kluckhohn et ses collègues Evon Z. Vogt et Ethel M. Albert, entre autres, était la Théorie de l’orientation des valeurs. Ils croyaient que la compréhension et la communication interculturelles pouvaient être facilitées en analysant l’orientation d’une culture donnée sur cinq aspects clés de la vie humaine: La nature humaine (les personnes considérées comme intrinsèquement bonnes, mauvaises ou mixtes); La relation Homme-Nature (le point de vue selon lequel les humains doivent être subordonnés à la nature, dominer la nature ou vivre en harmonie avec la nature); Le Temps (valeur première placée sur le passé / la tradition, le présent / la jouissance ou la future / postérité / la gratification retardée); L’activité (être, devenir / développement intérieur, ou faire / s’efforcer / travailler); et les Relations sociales (hiérarchiques, collatérales / collectives-égalitaires, ou individualistes). La Méthode d’Orientation des valeurs a été développée le plus loin par Florence Kluckhohn et ses collègues et étudiants dans les années suivantes.
Kluckhohn a reçu de nombreux honneurs tout au long de sa carrière. En 1947, il a été président de l’American Anthropological Association et est devenu le premier directeur du Centre de recherche russe à Harvard. La même année, son livre Mirror for Man a remporté le prix McGraw Hill de la meilleure écriture populaire sur la science.
Kluckhohn a d’abord cru à l’égalité biologique des races, mais a ensuite inversé sa position. Kluckhohn a écrit en 1959 qu ‘ »à la lumière de l’accumulation d’informations sur la variation significative de l’incidence des gènes cartographiés entre différents peuples, il semble imprudent de supposer catégoriquement que « la capacité innée de l’homme ne varie pas d’une population à l’autre »…. Partant du principe que les capacités spécifiques sont influencées par les propriétés de chaque pool génétique, il semble très probable que les populations diffèrent quantitativement dans leurs potentialités pour des types particuliers de réalisations. »
Clyde Kluckhohn est mort d’une crise cardiaque dans une cabane sur le cours supérieur de la rivière Pecos près de Santa Fe, au Nouveau-Mexique. Il laisse dans le deuil son épouse, le Dr Florence Rockwood Kluckhohn, qui a également enseigné l’anthropologie au Département des Relations sociales de Harvard. Clyde Kluckhohn laisse également dans le deuil son fils, Richard Kluckhohn. La plupart de ses articles sont conservés à l’Université Harvard, mais certains manuscrits anciens sont conservés à l’Université de l’Iowa.