À cette époque, deux généraux romains se battaient pour être les dirigeants de la République romaine. C’étaient Pompée et Jules César. Jules César a vaincu Pompée à la bataille de Pharsale en Grèce, en 48 avant JC. Pompée s’enfuit en Égypte de Pharsale et fut assassiné sur ordre de Ptolémée.
Ptolémée et ses partisans pensaient que César serait content, mais c’était une grosse erreur. César avait gracié de nombreux sénateurs qui se sont battus contre lui. Sa raison était de jeter les bases de la paix à Rome. Le meurtre de Pompée a coupé les plans de César. Pire, Pompée était un consul romain et le veuf de la fille unique de César, Julia. Pire encore, Pompée a été décapité devant sa cinquième femme et ses enfants, qui se trouvaient sur le navire d’où il venait de débarquer. Cela garantissait que la puissante famille et les partisans de Pompée n’oublieraient jamais et seraient toujours des ennemis de César. Elle a fini par épouser leurs deux frères.
Puis César vint à Alexandrie, la capitale de l’Égypte. Économiquement, l’Égypte était une corbeille à pain qui pouvait nourrir le peuple de Rome. Cléopâtre a reçu César à sa manière unique. Elle s’est allongée sur un tapis. Puis ses serviteurs enroulèrent le tapis avec Cléopâtre à l’intérieur. Ensuite, le tapis a été emmené au palais où César séjournait. Les gardes ont vu des gens portant un tapis et ils ne les ont pas arrêtés. Ils ont porté le tapis à César. Puis Cléopâtre sortit du tapis. César est tombé amoureux d’elle et ils sont devenus amants. À l’époque, Cléopâtre avait 21 ans et César 52 ans.
César décida de faire de nouveau de Cléopâtre la reine. Ptolémée n’aimait pas ça. Il y a eu beaucoup de combats, mais César a gagné. Ptolémée a essayé de partir, mais il est tombé dans le Nil et s’est noyé. Un autre frère cadet est devenu roi, mais Cléopâtre était à nouveau le véritable chef de l’Égypte. Cléopâtre n’a pas épousé Jules César, mais ils ont eu un fils. Il s’appelait Césarion.
Peu après la naissance de Césarion, César fut assassiné alors qu’il se rendait au Sénat à Rome. Cléopâtre et son entourage se trouvaient à Rome lorsque César fut assassiné le 15 mars 44 av.J.-C. Cléopâtre s’enfuit en Égypte.