On ne sait pas combien de temps Cléopâtre V a vécu et avec quelles mentions de Cléopâtre Tryphaena dans le dossier historique elle doit être identifiée, car la numérotation utilisée pour distinguer les Ptolémées est une invention moderne. Cléopâtre Tryphène V a disparu à l’époque de la naissance de Cléopâtre VII (69 av. J.-C.): son nom commence à disparaître des monuments et des papyrus, et il y a un papyrus de Ptolémée XII de 69 av.J.-C. qui ne la mentionne pas mais qui devrait le faire si elle était encore en vie.
Certaines indications indiquent que Cléopâtre est peut—être morte en 69 av.J.-C. – elle est peut-être morte en couches ou a peut-être été assassinée. Si elle était vraiment morte aussi tôt, alors la Cléopâtre Tryphène qui est mentionnée — après l’expulsion de Ptolémée XII – comme corégente de l’Égypte (avec Bérénice IV) en 58 et 57 avant JC, et morte vers 57 avant JC, doit être sa fille, numérotée par certains historiens comme Cléopâtre VI Tryphène. Ceci est également soutenu par le porphyre.
D’autre part, il y a une dédicace sur le Temple d’Edfou du 5 décembre 57 av. J.-C. qui inscrit le nom de Cléopâtre Tryphéna aux côtés de celui de Ptolémée XII (qui n’était cependant pas présent en Égypte à cette époque), ce qui aurait signifié l’épouse du roi plutôt que la fille et serait peu probable si la femme de Ptolémée XII était vraiment morte déjà douze ans plus tôt. Ainsi, certains historiens modernes, mais pas tous, considèrent Cléopâtre V comme identique à la prétendue Cléopâtre VI Tryphène, et la vivent jusqu’en 57 av.J.-C. Cela correspondrait au récit de Strabon, qui rapporte que Ptolémée XII n’a eu que trois filles; celles-ci peuvent être identifiées de manière fiable comme étant Bérénice IV, Cléopâtre VII et Arsinoé IV comme les filles du roi, de sorte qu’il ne resterait aucune place pour une Cléopâtre VI. Werner Huss suppose que des querelles ont éclaté entre Cléopâtre V et Ptolémée XII en 69 avant JC et qu’à la suite de ces disputes, Cléopâtre V est tombée en disgrâce et a été contrainte de démissionner.
Cléopâtre V était probablement la mère de Cléopâtre VII. Michael Grant arrive à la conclusion que « dans l’ensemble », il semble très probable que Cléopâtre V était la mère de Cléopâtre VII, notant que si Cléopâtre VII avait été illégitime, ses « nombreux ennemis romains l’auraient révélé au monde. »Il continue que nous devrions exclure l’hypothèse que Cléopâtre VII ait été conçue par la future seconde épouse de Ptolémée XII alors que Cléopâtre V était sur les lieux, et que si cette seconde épouse inconnue aurait été la mère de Cléopâtre VII et plus tard « reine légitimée », Cléopâtre VII aurait toujours été considérée comme un bâtard et « ses ennemis romains n’auraient pas manqué l’indice. » Duane L. Roller spécule que Cléopâtre aurait pu être la fille d’une femme théorique mi-macédonienne-grecque, mi-égyptienne appartenant à une famille de prêtres dédiés à Ptah et n’était « techniquement illégitime » (cependant, il soutient que quelle que soit l’ascendance de Cléopâtre, elle appréciait le plus son héritage ptolémaïque grec), mais note que si cette femme inconnue n’était pas la mère de Cléopâtre, alors Cléopâtre V serait sa mère. Une partie de son argument est basée sur la mention par Strabon de Ptolémée XII n’ayant que trois filles, Bérénice étant la seule légitime. Mais comme Grant note que, de toutes les attaques contre Cléopâtre VII, son illégitimité n’en fait pas partie, et qu’elle n’est mentionnée que dans une déclaration occasionnelle de Strabon.
La plupart des spécialistes s’accordent à dire que Bérénice IV était une fille de Cléopâtre V. Une épouse différente de Ptolémée XII pourrait avoir été la mère des frères et sœurs plus jeunes de Cléopâtre VII, à savoir Arsinoé IV, Ptolémée XIII et Ptolémée XIV. Cependant, Christopher Bennett pense que Cléopâtre V était la mère de tous les enfants connus de Ptolémée XII.