Résumé
Des avancées majeures dans l’édition du génome ont récemment été rendues possibles avec le développement des méthodes TALEN et CRISPR/Cas9. La rapidité et la facilité de mise en œuvre de ces technologies ont conduit à une explosion d’organismes mutants et transgéniques. Une étape de limitation de débit dans l’application efficace des méthodes TALEN et CRISPR / Cas9 est la sélection et la conception de constructions de ciblage. Nous avons développé un outil en ligne, CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), pour accélérer le processus de conception. CHOPCHOP accepte un large éventail d’entrées (identificateurs de gènes, régions génomiques ou séquences collées) et fournit un éventail d’options avancées pour la sélection de cibles. Il utilise des algorithmes d’alignement de séquence efficaces pour minimiser les temps de recherche et prédit rigoureusement la liaison hors cible des ARN à guide unique (SGRNA) et des TALENs. Chaque requête produit une visualisation interactive du gène avec des sites cibles candidats affichés à leurs positions génomiques et codés par couleur en fonction des scores de qualité. De plus, pour chaque site cible possible, les sites de restriction et les candidats à l’amorce sont visualisés, ce qui facilite un pipeline simplifié de génération et de validation de mutants. La facilité d’utilisation et la rapidité du CHOPCHOP en font un outil précieux pour l’ingénierie du génome.