La responsabilité principale des questions environnementales incombe au département des programmes environnementaux du Ministère de la Santé et au Bureau national de la Planification, ainsi qu’au bureau consultatif écologique du Ministère du Bien-être national et au département de l’environnement du Ministère des Affaires étrangères.
Les principaux problèmes environnementaux du Chili sont la déforestation et l’érosion des sols qui en résulte, ainsi que la pollution de l’air, de l’eau et des terres. La pollution de l’air par l’industrie et les transports et la pollution de l’eau sont particulièrement graves dans les centres urbains, où la population a doublé au cours des 30 dernières années. En 1996, les émissions industrielles de dioxyde de carbone du Chili s’élevaient à 48,7 millions de tonnes métriques. Les eaux usées non traitées constituent la principale menace pour la qualité de l’eau du pays. En 2001, le Chili disposait de 928 km3 de ressources en eau renouvelables. Alors que 99% des citadins ont de l’eau potable pure, seuls 58% des ruraux ont le même accès.
Les espèces menacées au Chili comprennent le huemul des Andes du Sud, le faucon pèlerin de la toundra, la puna rhea, l’étoile des bois du Chili, l’oie à tête rousse et la tortue verte. En 2001, 16 espèces de mammifères sur un total de 91 étaient considérées comme en voie de disparition. Sur 296 espèces d’oiseaux nicheurs, 18 étaient menacées d’extinction. Quatre types de poissons d’eau douce et 268 espèces de plantes étaient également menacés.