Né à Boston le 20 mars 1834, d’une famille distinguée de la Nouvelle-Angleterre, Charles W. Eliot est diplômé de Harvard en 1853. Il y enseigne les mathématiques et la chimie (1854-1863). Il fit une tournée en Europe (1863-1865), étudiant la chimie et les méthodes avancées d’enseignement, et retourna pour devenir professeur au Massachusetts Institute of Technology. En 1869, après avoir attiré une attention favorable par plusieurs articles sur la réforme de l’éducation, il est élu président de Harvard.
Le mandat de 40 ans d’Eliot lui a permis de pousser lentement mais constamment au changement. L’effet de ses innovations a été révolutionnaire et a complètement modifié Harvard. Il a tiré des idées de son expérience européenne, et il a plus tard rendu hommage à l’effet stimulant des innovations entreprises à l’Université Johns Hopkins sous Daniel Coit Gilman.
Eliot a développé un programme organisé de 3 ans à la faculté de droit, en utilisant le système d’instruction basé sur l’étude des décisions de justice réelles plutôt que sur des principes abstraits. À l’école de médecine, il a introduit des travaux de laboratoire et des examens écrits dans toutes les matières, et il a progressivement mis à disposition un enseignement clinique dans les hôpitaux de Boston. En 1872, l’université a commencé à accorder des doctorats et l’École supérieure des Arts et des sciences a été officiellement organisée en 1890, enseignée par la même faculté qui servait le collège de premier cycle.
La réforme la plus connue d’Eliot était le système électif. Les étudiants de premier cycle pouvaient choisir parmi une grande variété de cours dans chaque domaine plutôt que de suivre un programme prescrit. En offrant de nombreux cours avancés aux étudiants de premier cycle, Eliot a pu employer dans le collège des chercheurs exceptionnels qui ont partagé leur temps entre les écoles de premier cycle et les écoles supérieures. Harvard est devenu un centre de premier plan pour les études supérieures et la recherche et, dans les années 1890, avait acquis une réputation internationale d’excellence académique.
Toujours intéressé par l’enseignement secondaire, Eliot est actif au sein de la National Education Association (NEA), dont il devient le président en 1903. Il a fortement influencé le rapport de 1892 du « Comité des dix » de l’AEN qui a conduit à la normalisation de la préparation et des admissions au collège, et il a aidé à fonder le Collège Entrance Examination Board en 1906. En 1910, il a édité Les Classiques de Harvard, une « étagère de cinq pieds » de livres exceptionnels grâce auxquels ceux qui ne peuvent pas aller à l’université pourraient acquérir une éducation libérale. Il prend sa retraite en 1909 et meurt à Northeast Harbor, dans le Maine, le août. 22, 1926.