Charles Chauncy était l’arrière-petit-fils de Charles Chauncy, deuxième président du Harvard College. Le jeune Charles est né et a fait ses études à Boston. Il est diplômé de Harvard en 1721 et y a obtenu sa maîtrise en 1724. Ordonné pasteur de la Première Église de Boston en 1727, il a occupé ce poste prestigieux pendant 60 ans. En 1727, il épousa la première de trois épouses, Elizabeth First; en 1738, il épousa Elizabeth Townsend; et en 1760, Mary Stoddard. C’était une personne sérieuse et diligente et un érudit énergique de la religion et de la Bible.
Chauncy est devenu le critique le plus formidable du Grand Éveil. En 1741, il donna une conférence remarquablement proche de la pensée du pasteur de la Nouvelle-Angleterre Jonathan Edwards, mais un an plus tard, Chauncy prêcha contre les réveils. Ses Pensées saisonnières sur l’état de la religion (1743) sont un traité soigneusement construit contre l’enthousiasme religieux. Se référant largement à la Bible, il a présenté le Grand Réveil comme une période d’émotivité fuyante, d’orgueil spirituel, d’illusion et de désordre. Lorsque George Whitefield, le grand évangéliste anglais, revint en Nouvelle-Angleterre en 1744, il n’était le bienvenu ni à Harvard ni à Yale, et Chauncy, membre du Harvard Board of Overseers, choisit ce moment pour prêcher une excoriation de Whitefield et de l’Éveil.
Bien que Chauncy se considère comme un calviniste, il réinterprète le calvinisme à plusieurs moments importants, s’éloignant des vues de ses contemporains les plus orthodoxes. Il prêcha contre un établissement anglican dans les colonies. Chauncy voyait la raison comme l’essence de « notre caractère d’homme » et croyait qu’elle aiderait à guider une personne vers le salut. Le contraste entre la foi et les œuvres en tant qu’opposés, estimait-il, avait été surestimé.
La croyance de Chuncy en la fiabilité essentielle du bon sens, même dans le non-monnayé, provenait de sa confiance dans la bienveillance de la Divinité. Il soutenait que la mort du Christ était nécessaire au salut de l’homme, non pas pour apaiser un Dieu vengeur, mais parce que cet événement cataclysmique éveillait les pécheurs à l’autorité de Dieu. Chauncy a estimé que le Christ est mort non pas pour racheter quelques élus, mais pour sauver toute l’humanité, et que le péché originel n’était pas une condition imputée, mais simplement une tendance innée. Il s’oriente progressivement vers l’universalisme et le concept de Dieu comme monarque unique de l’univers plutôt que Dieu à trois personnes du calvinisme. Ces thèmes sont à la base de son influent Compleat View of Episcopacy (1771), ainsi que de deux autres ouvrages, The Benevolence of the Deity (1784) et The Mystery Hid fromm Ages or or the Salvation of All Men ( (1784), tous deux publiés anonymement à Londres mais apparemment écrits avant 1768. La pensée de Chauncy préfigure de manière significative les développements du 19e siècle dans la théologie de la Nouvelle-Angleterre.