La détection des classes recombinantes doubles montre que des croisements doubles doivent se produire.Sachant cela, nous pouvons nous demander si les croisements dans les régions chromosomiques adjacentes sont indépendants ou si un croisement dans une région affecte la probabilité qu’il y ait un croisement dans une région adjacente. Il s’avère que souvent ils ne sont pas indépendants: l’interaction est appelée interférence.
L’analyse peut être abordée de la manière suivante. Si les croisements dans les deux régions sont indépendants, alors, selon la règle du produit (voir page 37), la fréquence des doubles coefficients serait égale au produit des fréquences recombinantes dans les régions adjacentes. Dans les données de recombinaison v–ct–cv, la valeur RF v–ct est de 0,132 et la valeur est de 0,064, de sorte que des coefficients doubles peuvent être attendus à la fréquence 0,132 × ct-cv0,064 = 0,0084 (0,84%) s’il y aindépendance. Dans l’échantillon de 1448 mouches, 0,0084 × 1448 = 12 doubles recombinants sont attendus.Mais les données montrent que seulement 8 ont été effectivement observés. Si ce déficit de doubles recombinantes était systématiquement observé, cela nous montrerait que les deux régions ne sont pas indépendantes et suggérerait que la distribution des croisements favorise les simples au détriment des doubles. En d’autres termes, il existe une sorte d’interférence: un croisement réduit la probabilité d’un croisement dans une région adjacente.
L’interférence est quantifiée en calculant d’abord un terme appelé coefficient de coïncidence (c.o.c.), qui est le rapport des doubles recombinantes observées sur attendues soustraites de 1. D’où
Interférence (I) = 1-c.o.c. =
Dans notre exemple
Dans certaines régions, il n’y a jamais de double recombinants observés. Dans ces cas, c.o.c. = 0, donc I = 1 et l’interférence est complète. La plupart du temps, les valeurs d’interférence prises en compte dans la cartographie des locus chromosomiques sont comprises entre 0 et 1; mais, dans certaines situations particulières, les doubles observés dépassent les attentes, ce qui donne des valeurs d’interférence négatives.
L’analyse de recombinaison repose tellement sur des croisements de test en trois points et des versions étendues d’eux qu’il vaut la peine de faire un résumé étape par étape de l’analyse, se terminant par un calcul d’interférence. Nous utiliserons des valeurs numériques à partir des données des loci v, ct et cv.
Calculer les fréquences de recombinaison pour chaque paire de gènes:
Représente les relations de liaison dans une carte de liaison:
Déterminer les classes de double recombinaison.
Calculer la fréquence et le nombre de doubles recombinants attendus s’il n’y a pas d’interférence:
Calculer les interférences:
Vous vous êtes peut-être demandé pourquoi nous utilisons toujours des femelles hétérozygotes pour les croisements de test dans nos exemples de couplage chez la Drosophile. Lorsque les mâles pr vg / pr + vg+ sont croisés avec les femelles pr vg / pr vg, seuls les descendants pr vg / pr + vg+ et pr vg/ pr vg sont récupérés. Ce résultat montre qu’il n’y a pas de croisement chez les Drosophiles. Cependant, cette absence de croisement dans un sexe est limitée à certaines espèces ; ce n’est pas le cas pour les mâles de toutes les espèces (ou pour le sexe hétérogamétique). Chez d’autres organismes, il y a croisement chez les mâles XY et chez les femelles WZ. La raison de l’absence decroisement chez les mâles Drosophiles est qu’ils ont une prophase I inhabituelle, sans complexes synaptonémaux.
Incidemment, il existe également une différence de recombinaison entre les sexes humains. Les femmes montrentfréquences recombinantes plus élevées pour les mêmes loci que les hommes.