En 1768, l’explorateur français Louis Antoine de Bougainville nomma l’île en l’honneur du ministre français des Affaires étrangères de l’époque, Étienne François, duc de Choiseul.
La première observation enregistrée par les Européens fut par l’expédition espagnole d’Álvaro de Mendaña en avril 1568. Plus précisément, l’observation était due à un voyage local effectué par un petit bateau, dans les récits le brigantin Santiago, commandé par le Maestre de Campo Pedro Ortega Valencia et ayant Hernán Gallego comme pilote. Ils l’ont cartographié sous le nom de San Marcos, et ont également nommé le canal étroit séparant San Jorge de l’île de Santa Isabel sous le nom de canal Ortega en l’honneur du commandant de l’expédition.
Au XIXe siècle, les insulaires de Choiseul ont subi des attaques de blackbirding (le recrutement ou l’enlèvement souvent brutaux de travailleurs pour les plantations de sucre du Queensland et des Fidji).
En avril 1885, l’Empire allemand déclare un Protectorat sur les îles Salomon du Nord, y compris Choiseul. En 1900, aux termes du Traité de Berlin (14 novembre 1899), l’Allemagne transféra les îles Salomon du Nord (à l’exception de Bougainville et des îles environnantes) au Protectorat britannique des Îles Salomon en échange de l’abandon par les Britanniques de toutes leurs revendications sur Samoa. Les missionnaires se sont installés à Choiseul sous les deux protectorats, convertissant la majeure partie de la population au christianisme. Au début du 20ème siècle, plusieurs entreprises britanniques et australiennes ont commencé à planter des cocotiers à grande échelle.
L’anthropologue et photographe autrichien Hugo Bernatzik a visité Choiseul en 1932. Bernatzik a documenté certaines des quelques coutumes ancestrales restantes du peuple insulaire et les a décrites dans une ethnographie qu’il a publiée quelques années plus tard. Il a également pris des photos des insulaires et a ramené une urne en pierre avec des sculptures, reflétant une culture qu’il considérait comme mourante au contact du monde moderne.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, les forces japonaises occupèrent Choiseul en 1942. Un bataillon de Marines américains a effectué un raid sur l’île en octobre–novembre 1943, pour détourner l’attention du débarquement au cap Torokina.
Après l’indépendance des îles Salomon en juillet 1978, Choiseul a été administré comme partie intégrante de la province de Choiseul.