Lorsque vous pensez à séparer les protéines, pensez-vous à les séparer à l’aide d’un gel? En utilisant spécifiquement SDS-PAGE? Si vous avez répondu « oui », c’est pour une bonne raison. La SDS-PAGE est omniprésente dans les laboratoires de biologie moléculaire car elle est bonne pour séparer les protéines. Cependant, la PAGE SDS prend beaucoup de temps et demande beaucoup de travail. Élargissons donc votre boîte à outils et examinons une autre façon de séparer les protéines: l’électrophorèse sur gel capillaire.
Électrophorèse sur gel capillaire (ECG) alias électrophorèse de tamisage capillaire aliasa. L’électrophorèse sur gel capillaire SDS sépare les protéines dans un gel via des colonnes remplies d’un milieu de séparation.
Exigences en matière d’équipement
En électrophorèse sur gel capillaire, vos analytes (les protéines que vous souhaitez étudier) migrent à travers une solution électrolytique à travers les capillaires par la force de traction d’un champ électrique – un peu comme la PAGE SDS plus familière. Pour effectuer l’EEG, vous avez besoin: d’un flacon d’échantillon, de flacons source et destination, d’une matrice de tamisage, d’une colonne capillaire, d’un détecteur sur colonne, d’un dispositif de sortie et de manipulation des données et d’une alimentation haute tension.
Protocole en bref
Dans une expérience CGE, votre échantillon commence au flacon source et se dirige vers le flacon de destination. Voici le protocole en bref :
Etape 1 : Les flacons source et destination ainsi que le capillaire les reliant sont remplis d’une solution électrolytique et l’échantillon est introduit dans le capillaire.
Étape 2: Une fois le champ électrique appliqué, les analytes migrent du côté du flacon source vers le côté du flacon de destination.
Étape 3: Le détecteur sur colonne (sans surprise) permet une détection sur colonne. Le détecteur envoie des données à un dispositif de sortie et de traitement de données, tel qu’un ordinateur.
Étape 4 : Ces données sont ensuite affichées sous forme d’électrophérogramme. Vos analytes sont lus comme des pics de différents temps de rétention.
Pour plus de détails sur la façon dont cela fonctionne, visitez le matériel utile de UC Davis.
En savoir plus Sur la matrice
Votre matrice de tamisage peut être composée d’un certain nombre de matériaux polymérisés, notamment du polyacrylamide réticulé, du dextrane et du poly (éthylène glycol ou oxyde d’éthylène). Vos colonnes sont généralement fabriquées à partir de polymères de tamisage remplaçables. C’est alors à vous de créer vos propres colonnes ou de les acheter. Les laboratoires Beckman Coulter, Agilent Tech et Bio-Rad vendent des kits de tamisage, mais sachez que ceux-ci nécessitent également l’utilisation de leurs instruments CGE.
Pourquoi devriez-vous utiliser CGE
Maintenant que vous avez entendu parler de ce qu’est CGE, pourquoi devriez-vous l’utiliser?
- Il a des temps de fonctionnement plus courts. L’exécution d’une CGE prend 10 à 100 fois moins de temps que l’électrophorèse sur gel sur dalle.
- Il y a moins d’étapes dans une expérience CGE que dans une expérience SDS-PAGE. En effet, les résultats finaux de l’expérience CGE sont donnés par un ordinateur connecté à l’appareil.
- Le CGE est également mieux adapté aux petites protéines que le SDS-PAGE traditionnel.
- Vous pouvez analyser vos protéines en temps réel avec CGE.
- L’équipement CGE peut être utilisé à plusieurs reprises, pas besoin de faire des gels sans fin.
- Enfin, une grande partie du processus est automatique. Après avoir ajouté votre échantillon, vous avez terminé! Cela signifie que vous n’avez pas à superviser le processus comme vous faites un gel ou à l’apporter à un équipement de détection spécial dès que le gel a fonctionné.
Pourquoi Vous NE DEVRIEZ PAS utiliser CGE
Eh bien, à vrai dire, même si CGE existe sous sa forme actuelle depuis plus d’une décennie et que de nombreuses avancées techniques ont été réalisées, CGE souffre toujours de problèmes de reproductibilité. Un autre problème est que les séparations CGE sont effectuées en série. Cela signifie qu’avec CGE, vous ne pouvez pas comparer facilement les voies. Enfin, en ce qui concerne les gels 2D, la CGE ne peut tout simplement pas rivaliser avec la séparation 2D traditionnelle.
En résumé, alors que certains chercheurs s’exclament fièrement sur les utilisations de la technologie CGE, elle pose encore un certain nombre de problèmes. Mais ne rejetez pas CGE pour l’instant! La dernière poussée dans ce domaine est la micropuce CGE, qui est très prometteuse pour l’analyse des protéines à grande vitesse. Donc, la prochaine fois que vous pensez à la séparation des protéines, n’oubliez pas la CGE.
Avez-vous essayé CGE? Comment l’aimez-vous par rapport à SDS-PAGE?