chakraer, der betyder “hjul”, er psykiske centre, der ligger langs rygsøjlens akse som bevidsthedspotentialer. De er normalt repræsenteret som lotusser. Chakraerne er ikke materielt virkelige og skal forstås som beliggende, ikke i den grove krop, men i den subtile eller æteriske krop. Repositorier af psykiske energier, de styrer hele tilstanden af at være. Det, der er mest kendt, er et nyere system dating til omkring det ottende århundrede e.v. t. med de vigtigste 7 chakraer. Men de gamle åndelige indiske tekster henviser til forskellige andre systemer med variationer i antallet af chakraer og deres placering.
når kundalini rammes, vågner hun, vikler sig og begynder at rejse sig opad som en brændende slange og bryder på hvert chakra, når hun stiger op, indtil Shakti smelter sammen med Shiva i sahasrara chakra.
når kundalini når hvert chakra, åbner lotus og løfter sin blomst; og så snart hun forlader et højere chakra, lukker lotus sine kronblade og hænger ned, hvilket symboliserer aktiveringen af chakraets energier og deres assimilering til kundalini. Dynamiseringen af kundalini, når den passerer fra et chakra til et andet, er en udfoldelse af åndelig bevidsthed trin for trin og siges at muliggøre erhvervelse af yogiske kræfter kaldet siddhis.
det stigende antal lotusblade i stigende rækkefølge kan tages for at indikere de stigende energi-eller vibrationsfrekvenser i de respektive chakraer, der hver fungerer som en transformator af energier fra en styrke til en anden. Hver af de 50 kronblade af de første 6 chakraer er forbundet med et af bogstaverne i Sanskrit-alfabetet.
hver af chakraerne, ifølge Tantraerne, svarer til et af de elementer, som den kendte verden er sammensat af. Muladhara repræsenterer soliditet; Svadhisthana, likviditet; Manipura, den gasformige; Anahata, antennen; Vishuddha, det æteriske eller rummet. Man kan se hele processen som en progressiv transformation af elementerne med en stigning i volatiliteten. Hvert af elementerne i de første fem chakraer er forbundet med en lyd: Lam, Vam, Ram, Yam, skinke.
denne opstigning gennem chakraerne kan ses som en opadgående rejse gennem selvet, der forfiner og subtiliserer den energi, der er kundalini, indtil ved det sjette chakra, Ajna, kommandocenter, en kvalitativ ændring har fundet sted. Chakraerne er centre for transformation af psykisk eller mental energi til åndelig energi.