som en del af Jalta-Konferenceaftalerne blev der afholdt en folkeafstemning i Mongoliet i oktober 1945 under FN-regi med overvældende stemme for uafhængighed over autonomi. Republikken Kina anerkendte Mongoliet i januar 1946, og de to lande underskrev en venskabstraktat i Februar. I juni 1946 gjorde Mongoliet den første af flere mislykkede ansøgninger om at blive medlem af FN. I mellemtiden anerkendte Mongoliet Folkerepublikken Kina på sidstnævntes proklamation i 1949 og etablerede diplomatiske forbindelser med Nordkorea (1948), de sovjetiske satellitlande i øst-og Centraleuropa (1950) og Indien (1955). Mongoliet fik adgang til FN i 1961, og i 1963 blev Det Forenede Kongerige Det første vestlige land, der etablerede forbindelser med Mongoliet.
1950 ‘ erne var en tid med politisk overgang og økonomisk fremgang. Choibalsan døde i 1952 på et hospital i Moskva, og Tsedenbal blev udnævnt til formand (dvs., svarende til premierminister) i Ministerrådet (det højeste organ for udøvende magt. I 1954 MPRP generalsekretær Tsedenbal blev fortrængt af Dashiin Damba, der blev udpeget MPRP første sekretær, men i 1958 tsedenbal overtog kontrollen med partiet—også som første sekretær—og fik Damba afskediget af ideologiske grunde. Kollektiviseringen af husdyrbesætning blev afsluttet i 1950 ‘ erne, da Hyrderne var forpligtet til at aflevere alle undtagen et par af deres dyr til de store kooperative gårde (negdel). Den Trans-mongolske jernbane-i fællesskab bygget af mongolerne og sovjeterne og afsluttet i 1955—spændte Mongoliet fra nord til syd og tjente som et symbol på sovjetisk-Kinesisk solidaritet, men den blev bygget ved hjælp af sovjetisk bred jernbanemåler snarere end standardmåler brugt i Kina. I 1958 begyndte Mongoliet at deltage i Comecon-møder og sluttede sig til denne organisation i 1962.
Mongoliet og Kina underskrev en traktat om venskab og gensidig bistand i 1960, og de to lande mindedes i mindelighed den lange grænse mellem dem. Imidlertid forsurede den ideologiske tvist, der udviklede sig mellem Sovjetunionen og Kina om enheden og ledelsen af den kommunistiske bevægelse Mongoliets forbindelser med Kina. Kina kritiserede kraftigt sovjeterne for deres håndtering af oktober 1962 Cubansk missilkrise med USA og to år senere gennemførte sin første atombombetest—de fremherskende vinde, der bærer radioaktivt nedfald nordpå ind i Mongolsk territorium. I januar 1966 underskrev Mongoliet og Sovjetunionen en ny traktat om venskab, samarbejde og gensidig bistand, der omfattede hemmelige protokoller, der gjorde det muligt for sovjeterne at stationere tropper, fly og missiler i Mongoliet. De Kinesisk-sovjetiske forbindelser degenererede yderligere efter sammenstød mellem deres tropper langs deres grænse ved Ussuri-floden i marts 1969. I mellemtiden havde den kinesiske leder Mao Sedong lanceret den bevægelse, der blev kendt som Kulturrevolutionen (1966-76), hvor især mongolerne i Indre Mongoliet led betydeligt.
i 1949 havde MPRP fordømt, hvordan Mongolsk historie blev undervist, idet de hævdede, at de med “borgerlig nationalistisk” synspunkter hyldede Genghis Khans erobringer og Mongoliets “feudale” fortid på bekostning af partiets og den mongolske revolutions præstationer. Ikke desto mindre, da 800-årsdagen for Djengis Khans fødsel nærmede sig i 1962, besluttede partiet at arrangere fester, der hædrede det, der skulle omfatte afsløring af et nyt monument for ham, afholdelse af taler og udstedelse af et sæt mindesmærker. Efter sovjetisk kritik, der stemplede Genghis som en “reaktionær”, hvis “tatarisk-mongolske åg” havde spildt Rusland, annullerede Mongoliet hurtigt festlighederne og trak frimærkerne tilbage. Der fulgte en ny MPRP-evaluering af Genghis Khan, som også betragtede ham som reaktionær, og som kun krediterede ham for at forene de mongolske stammer. Enhver afvigelse fra denne linje blev betragtet som uønsket fremme af nationalisme og blev ikke tolereret. Denne politik kvalt stort set al diskussion af Genghis Khan og Mongolsk nationalisme i de næste 40 år.
spændingerne mellem Mongoliet og Kina eskalerede gennem 1970 ‘ erne. Mongoliet beskyldte Kina for at ville annektere Mongoliet og som påskud for dets territoriale krav på Mongolsk territorium for at fremme Genghis Khan som en Yuan-dynasti kejser. Kina modvirkede under sine egne 800-års jubilæumsfester ved at kritisere Sovjetunionen for at” besætte ” Mongoliet ved at stationere tropper og militært udstyr der. I April 1978 opfordrede Kina til sovjetisk tilbagetrækning fra Mongoliet, og premierminister Tsedenbal besøgte straks en sovjetisk hærenhed stationeret i Mongoliet for at takke den for at beskytte landet mod den kinesiske “trussel.”Mongoliet begyndte at udvise kinesiske indvandrere i begyndelsen af 1979 og beskyldte dem for “ekspansionistiske plot”, hvilket yderligere forværrede mistillid mellem de to lande. Spændingerne i regionen lettede betydeligt i midten af 1980 ‘ erne, da sovjetiske og mongolske ledere tog skridt til at normalisere forbindelserne med Kina. Diplomatiske forbindelser blev genoprettet mellem Mongoliet og Kina i 1986.