B-og T-lymfocytter testes for deres affinitet for selv MHC/peptidkomplekser, inden de forlader de primære lymfoide organer og går ind i periferien. Hvis de viser høj affinitet for selvantigen, er en metode til forebyggelse af autoimmunitet gennem klonal deletion. Det er her lymfocytten ville modtage apoptotiske signaler fra antigenpræsenterende celle (APC ‘ er). Det er vigtigt at bemærke, at ikke alle lymfocytter, der udtrykker høj affinitet for selvantigen, gennemgår klonal deletion. B-lymfocytter kan også deltage i redigering af lyskædereceptorer, VH-genudskiftning eller frigives og senere gennemgå negativ selektion i periferien. T-lymfocytter kan i stedet gennemgå klonal anholdelse, klonal anergi og klonal redigering. Hvis autoreaktive celler undgår klonal deletion i enten thymus eller knoglemarv, er der mekanismer i periferien, der involverer t-regulerende celler for at forhindre værten i at opnå en autoimmun sygdom. For både B-og T-celler i de primære lymfoide organer er klonal deletion imidlertid den mest almindelige form for negativ selektion.
B-Cellerrediger
B-celler, der viser høj affinitet for selvceller, kan gennemgå klonal deletion i knoglemarven. Dette sker, efter at den funktionelle B-cellereceptor (BCR) er samlet. Det er muligt for B-celler med høj selvaffinitet at blive slettet, fordi de kræver aktiveringssignaler og stimulering fra autoreaktive T-celler. Sådanne T-celler fjernes ofte via klonal deletion, hvilket efterlader autoreaktive B-celler ustimulerede og uaktiverede. Disse B-celler udgør ikke en trussel, selv i periferien, fordi de ikke kan aktiveres uden en autoreaktiv T-celle for at stimulere dem.
t-Cellerrediger
mellem 2% og 5% af T-cellerne udvikler auto-reaktive receptorer. De fleste af disse gennemgår negativt valg ved klonal sletning.
thymisk Korteksedit
T-celler, der viser en høj affinitet for selv MHC/peptidkomplekser, kan gennemgå klonal deletion i thymus. Thymiske dendritiske celler og makrofager ser ud til at være ansvarlige for de apoptotiske signaler, der sendes til autoreaktive T-celler i thymbarken.
thymisk Medulleredit
T-celler har også mulighed for at gennemgå klonal deletion inden for den thymiske medulla, hvis de udtrykker høj affinitet for selv MHC/peptidkomplekser. Positiv selektion forekommer i tymbarken, hvilket antyder, at det er muligt for en celle at gennemgå positiv selektion inden i barken og derefter negativ selektion i medulla via klonal deletion. Epitelceller er ansvarlige for klonal deletion i medulla. Disse medullære epitelceller udtrykker en autoimmun regulator (AIRE), som gør det muligt for disse celler at præsentere proteiner, der er specifikke for andre dele af kroppen til T-lymfocytter. Dette hjælper med at eliminere autoreaktive T-celler, der genkender et protein fra en bestemt kropsdel.