identificering af den nærmeste levende slægtning(r) af tetrapoder er et vigtigt, men stadig anfægtet spørgsmål i hvirveldyr fylogenetik. Tre hypoteser er mulige, og det har vist sig vanskeligt at udelukke alternativer, selv med store molekylære datasæt på grund af svag fylogenetisk signalkoblet ikke-fylogenetisk støj som følge af relativt hurtige specieringshændelser, der opstod for længe siden (400 Ma). Her, vi besøger identiteten af den nærmeste levende slægtning til land hvirveldyr fra et fylogenomisk perspektiv og inkluderer nye genomiske data for alle eksisterende lungefisk-slægter. RNA-sekv viser sig at være et godt alternativ til genomisk sekventering, som i øjeblikket ikke er teknisk muligt i lungefisk på grund af deres enorme (50-130 Gb) og gentagne genomer. Vi undersøgte de vigtigste kilder til systematisk fejl, nemlig Long-branch attraction (LBA), kompositions heterogenitet og distribution af manglende data og anvendte forskellige korrektionsteknikker. En Multispecies coalescent tilgang bruges til at redegøre for dyb sammenblanding, der kan komme fra de korte og dybe internoder, der adskiller tidlige sarcopterygian-splittelser. Sammenkædningsmetoder favoriserede lungefisk som de nærmeste levende slægtninge til tetrapoder med stærk statistisk støtte. Aminosyreprofilblandingsmodeller kan utvetydigt løse denne vanskelige internode takket være deres evne til at undgå systematisk fejl. Vi vurderede udførelsen af forskellige Site-heterogene modeller og data partitionering og sammenlignede evnen af forskellige strategier designet til at overvinde LBA, herunder takson manipulation, reduktion af heterogenitet mellem afstamning og fjernelse af hurtigt udviklende eller sammensat heterogene positioner. Identifikationen af lungfisk som søstergruppe af tetrapoder er robust med hensyn til virkningerne af ikke-stationær sammensætning og distribution af manglende data. Multispecies coalescent-metoden rekonstruerede stærkt understøttede topologier, der var kongruente med Sammenkædning, på trods af gennemgribende gentræ heterogenitet. Vi afviser alternative topologier for tidlige sarcopterygian-forhold ved at øge signal-til-støj-forholdet i vores justeringer. Den analytiske pipeline, der er skitseret her, kombinerer sandsynlig fylogenomisk slutning med metoder til evaluering af datakvalitet, model tilstrækkelighed, og vurdering af systematisk fejl, og vil derfor sandsynligvis hjælpe med at løse lignende vanskelige internoder i livets træ. .