Cn3D er et visualiseringsværktøj til biomolekylære strukturer, sekvenser og sekvensjusteringer. Hvad der adskiller Cn3D fra andre programmer er dets evne til at korrelere struktur og sekvensinformation: for eksempel kan en videnskabsmand hurtigt finde resterne i en krystalstruktur, der svarer til kendte sygdomsmutationer eller konserverede aktive stedrester fra en familie af sekvenshomologer. Cn3D viser struktur-strukturjusteringer sammen med deres strukturbaserede sekvensjusteringer for at understrege, hvilke regioner i en gruppe beslægtede proteiner der er mest konserverede i struktur og sekvens. Også inkluderet er brugerdefinerede mærkningsfunktioner, OpenGL-grafik af høj kvalitet og en række fileksport, der tilsammen gør Cn3D til et kraftfuldt værktøj til litteraturanmærkning. Cn3D køres typisk som en hjælperapplikation til NCBI ‘ s Entresystem, men det kan også bruges som et selvstændigt program.
med version 4 er Cn3D nu også en komplet multiple alignment editor og inkluderer algoritmer til tilpasning af sekvenser til andre sekvenser og til strukturer. Du kan nu oprette og endda kommentere flere justeringer. Cn3D bruges som det primære justeringsværktøj til CDD-projektet.