på det tidspunkt kæmpede to romerske generaler for at være lederne af den romerske republik. De var Pompejus og Julius Cæsar. Julius Caesar besejrede Pompey i Slaget ved Pharsalus i Grækenland, 48 f. kr. Pompey flygtede til Egypten fra Pharsalus og blev myrdet efter ordre fra Ptolemæus.
Ptolemæus og hans tilhængere troede, at Cæsar ville være glad, men det var en stor fejltagelse. Cæsar havde benådet mange af de senatorer, der kæmpede mod ham. Hans grund var at lægge grunden til fred i Rom. Mordet på Pompey skar lige over Cæsars planer. Værre, Pompey var en romersk konsul, og enkemanden til Cæsars eneste datter, Julia. Endnu værre blev Pompey halshugget foran sin femte kone og børn, der var på skibet, hvorfra han lige var gået af land. Dette sørgede for, at Pompeys magtfulde familie og tilhængere aldrig ville glemme og altid ville være Cæsars fjender. Hun endte med at gifte sig med begge deres brødre.
så kom Cæsar til Aleksandria, hovedstaden i Egypten. Økonomisk var Egypten en brødkurv, der kunne fodre Roms folk. Cleopatra modtog Caesar på sin egen unikke måde. Hun lagde sig på et tæppe. Derefter rullede hendes tjenere tæppet op med Cleopatra indeni. Derefter blev tæppet taget til paladset, hvor Caesar boede. Vagterne så nogle mennesker bære et tæppe, og de stoppede dem ikke. De bar tæppet til Cæsar. Så kom Cleopatra ud af tæppet. Caesar blev forelsket i hende, og de blev elskere. På det tidspunkt var Cleopatra 21 år gammel og Caesar var 52 år gammel.
Caesar besluttede at gøre Cleopatra Dronning igen. Ptolemæus kunne ikke lide det. Der var mange kampe, men Caesar vandt. Ptolemæus forsøgte at forlade, men han faldt i floden Nilen og druknede. En anden yngre bror blev Konge, men Cleopatra var igen den virkelige leder af Egypten. Cleopatra giftede sig ikke med Julius Caesar, men de havde en søn. Han blev kaldt Caesarion.
kort efter Caesarion blev født, blev Cæsar myrdet, da han gik til Senatet i Rom. Cleopatra og hendes følge var i Rom, da Cæsar blev myrdet den 15.Marts 44 F. kr. Cleopatra flygtede tilbage til Egypten.