det er uklart, hvor længe Cleopatra v levede, og med hvilke omtaler af Cleopatra Tryphaena i den historiske rekord, hun skulle identificeres, da nummereringen, der bruges til at skelne Ptolemierne, er en moderne opfindelse. Cleopatra Tryphaena v forsvandt omkring det tidspunkt, hvor Cleopatra VII blev født (69 f.kr.): hendes navn begynder at forsvinde fra monumenter og papyri, og der er en papyrus af Ptolemæus fra 69 f. kr., der ikke nævner hende, men forventes at gøre det, hvis hun stadig havde været i live.
der er tegn på, at Cleopatra kan være død i 69 f.kr. — hun kan være død i fødsel eller muligvis myrdet. Skulle hun virkelig være død så tidligt, skal Cleopatra Tryphaena, der nævnes — efter udvisningen af Ptolemæus — som medhersker i Egypten (sammen med Berenice IV) i 58 og 57 f.kr. og døde omkring 57 f. kr., være hendes datter, nummereret af nogle historikere som Cleopatra VI Tryphaena. Dette understøttes også af porfyr.
på den anden side er der en dedikation på Edfu-Templet fra 5.December 57 f. kr., der indskriver Cleopatra Tryphaenas navn sammen med Ptolemaios (som dog ikke var til stede i Egypten på det tidspunkt), hvilket ville have betydet kongens kone snarere end datter og ville være usandsynligt, hvis Ptolemaios kone virkelig døde allerede tolv år tidligere. Således betragter nogle, men ikke alle, moderne historikere Cleopatra V som identisk med den påståede Cleopatra vi Tryphaena og har hende til at leve til c. 57 f.kr. Disse kan pålideligt identificeres som Berenice IV, Cleopatra VII og Arsinoe IV som kongens døtre, så der ikke ville være plads til en Cleopatra vi.
Cleopatra V var sandsynligvis mor til Cleopatra VII. Michael Grant kommer til den konklusion, at “i det store og hele” synes det mest sandsynligt, at Cleopatra V var mor til Cleopatra VII og bemærkede, at hvis Cleopatra VII havde været ulovlig, ville hendes “adskillige romerske fjender have afsløret dette for verden.”Han fortsætter vi bør udelukke hypotesen Cleopatra VII blev undfanget af Ptolemæus anden kone-til-være, mens Cleopatra V var på scenen, og at hvis denne ukendte anden kone ville have været Cleopatra VII mor og senere gjort “dronning legitimeret”, Cleopatra VII ville stadig have været betragtet som en bastard og “hendes romerske fjender ville ikke have gået glip af antydningen.”Duane V. Roller spekulerer i, at Cleopatra kunne have været datter af en teoretisk halv-makedonsk-græsk, halv-egyptisk kvinde, der tilhører en familie af præster dedikeret til Ptah og var “kun teknisk ulovlig” (dog hævder han, at uanset Cleopatras herkomst værdsatte hun sin græske ptolemaiske arv mest), men bemærker, at hvis denne ukendte kvinde ikke var Cleopatras mor, ville Cleopatra V være hendes mor. En del af hans argument er baseret på Strabos omtale af, at Ptolemæus kun har tre døtre, Berenice er den eneste legitime. Men som Grant bemærker, at af alle angrebene på Cleopatra VII er hendes uægte ikke blandt dem, og at det kun nævnes i en afslappet erklæring fra Strabo.
de fleste lærde er enige om, at Berenice IV var datter af Cleopatra V. En anden hustru til Ptolemæus kan have været mor til de yngre søskende til Cleopatra VII, det er Arsinoe IV, Ptolemæus og Ptolemæus. Christopher Bennett mener dog, at Cleopatra V var mor til alle kendte børn af Ptolemæus.