Tidligt liv (før 175 F. kr.) Rediger
Cleopatra II var datter af Ptolemæus V og sandsynligvis Cleopatra I. Hvis hun var datter af Cleopatra I, Hun var en fuld søster til Ptolemæus vi Philometor og Ptolemæus VIII Euergetes II Tryphon; ellers var hun deres halvsøster. Hun ville til sidst gifte sig med begge sine brødre.
første co-regency (175-131 f. kr.) Rediger
efter døden af hendes formodede mor, Cleopatra i, i 176 f. kr., blev Cleopatra II gift med sin bror Ptolemæus vi Philometor i c. 175 F. kr. Cleopatra II, Ptolemæus VI og deres bror, Ptolemæus VIII, var medherskere i Egypten fra c. 170 F.kr. til 164 f. kr.
i c. 169 f.kr. invaderede Antiochus IV af Syrien Egypten. Ptolemæus vi Philometor sluttede sig til Antiochus IV uden for Aleksandria. Ptolemæus vi blev kronet i Memphis og regerede med Cleopatra II. I 164 f.kr. blev Cleopatra II og hendes mand midlertidigt afsat af Ptolemæus VIII, men blev genoprettet til magten i 163 f. kr.
Ptolemæus VI døde i 145 F.kr. Cleopatra II indvilligede i at gifte sig med sin yngre bror, Ptolemæus VIII Euergetes II. Ptolemæus VIII myrdede Ptolemæus VII Neos Philopator, søn af Ptolemæus VI og Cleopatra II, og tog tronen selv.
mellem 142 f.kr. og 139 f. kr. giftede Ptolemæus VIII sig med Cleopatras yngre datter, hans niece Cleopatra III.
Sole regency (131-127 f.kr.) Rediger
Cleopatra II førte et oprør mod Ptolemæus VIII i 131 f. kr. og kørte ham og Cleopatra III ud af Egypten. På dette tidspunkt siges Ptolemæus VIII at have haft Ptolemæus Memphites, hans søn af sin ældre søster, Cleopatra II, splittet og hans hoved, hænder og fødder sendt til Cleopatra II i Aleksandria som fødselsdagsgave.
Cleopatra II regerede Egypten som enehersker indtil 127 f.kr. Hun blev tvunget til at flygte til Syrien, hvor hun sluttede sig til sin datter Cleopatra Thea og hendes svigersøn Demetrius II Nicator.
tredje regeringstid (124-116 f. kr.) Rediger
en offentlig forsoning af Cleopatra II og Ptolemæus VIII blev erklæret i 124 f. kr. Efter dette regerede hun sammen med sin bror og datter indtil juni 116 f.kr., da Ptolemæus døde.
Ptolemæus VIII forlod kongeriget for at blive styret af Cleopatra III og en af deres sønner. Kleopatra III valgte Ptolemæus Lathyros, hendes ældste søn, som hendes medregent.
Cleopatra II forsvandt fra historiske optegnelser engang omkring oktober 116 f.kr. Hun menes at være død omkring 116 eller 115 F.kr.