CIITA genet giver instruktioner til fremstilling af et protein, der primært hjælper med at kontrollere aktiviteten (transkription) af gener kaldet major histokompatibilitetskompleks (MHC) klasse II gener. Transkription er det første trin i produktionen af proteiner, og CIITA er kritisk for produktionen af specialiserede immunproteiner kaldet MHC klasse II proteiner fra disse gener. CIITA-proteinet koordinerer forskellige proteiner for at tænde MHC klasse II gentranskription og tillade produktion af MHC klasse II proteiner.
MHC klasse II proteiner findes på overfladen af flere typer immunceller, herunder hvide blodlegemer (lymfocytter), der er involveret i immunreaktioner. Disse proteiner spiller en vigtig rolle i kroppens immunrespons på udenlandske angribere, såsom bakterier, vira og svampe. For at hjælpe kroppen med at genkende og bekæmpe infektioner binder MHC klasse II proteiner til fragmenter af proteiner (peptider) fra udenlandske angribere, så andre specialiserede immunsystemceller kan interagere med dem. Når disse immunsystemceller genkender peptiderne som skadelige, udløser de lymfocytterne og andre immunceller for at starte immunresponser for at slippe af med de udenlandske angribere.
CIITA-proteinet ser også ud til at spille en rolle i forbedring af transkriptionen af MHC klasse i-gener, som giver instruktioner til fremstilling af immunsystemproteiner kaldet MHC klasse i-proteiner. Ligesom MHC klasse II proteiner binder MHC klasse i proteiner til peptider fra udenlandske angribere og præsenterer dem for specifikke immunsystemceller. Disse celler angriber derefter de udenlandske angribere for at befri dem fra kroppen. Mens CIITA-proteinet er i stand til at hjælpe med at fremme MHC klasse i-genaktivitet, er det ikke den primære regulator for disse gener. Andre proteiner spiller en mere fremtrædende rolle i deres transkription.