abstrakt
store fremskridt inden for genomredigering er for nylig blevet muliggjort med udviklingen af TALEN-og CRISPR/Cas9-metoderne. Hastigheden og letheden ved at implementere disse teknologier har ført til en eksplosion af mutante og transgene organismer. Et hastighedsbegrænsende trin i effektiv anvendelse af TALEN-og CRISPR/Cas9-metoder er valg og design af målretningskonstruktioner. Vi har udviklet et online værktøj, CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), for at fremskynde designprocessen. CHOPCHOP accepterer en bred vifte af input (genidentifikatorer, genomiske regioner eller indsatte sekvenser) og giver en række avancerede muligheder for målvalg. Det bruger effektive sekvensjusteringsalgoritmer til at minimere søgetider og forudsiger strengt off-target binding af single-guide RNA ‘er (sgrna’ er) og TALENs. Hver forespørgsel producerer en interaktiv visualisering af genet med kandidatmålsteder, der vises på deres genomiske positioner og farvekodet i henhold til kvalitetsresultater. Derudover visualiseres restriktionssteder og primerkandidater for hvert muligt målsted, hvilket letter en strømlinet pipeline af mutant generation og validering. Chopchops brugervenlighed og hastighed gør det til et værdifuldt værktøj til genomteknik.