i 1768, den franske opdagelsesrejsende Louis Antoine de Bougainville opkaldte øen efter den daværende franske udenrigsminister, Kurttienne Franrius, duc de Choiseul.
den første registrerede observation af europæere var af den spanske ekspedition af Kurtervaro de menda i April 1568. Mere præcist skyldtes observationen en lokal rejse udført af en lille båd, i regnskabet brigantine Santiago, under kommando af Maestre De Campo Pedro Ortega Valencia og med Hernrius Gallego som pilot. De kortlagde det som San Marcos og navngav også den smalle kanal, der adskiller San Jorge fra Santa Isabel Island som Ortega-kanalen efter ekspeditionens øverstbefalende.
i det nittende århundrede blev Choiseul-øboerne udsat for angreb fra solsort (den ofte brutale rekruttering eller kidnapning af arbejdere til sukkerplantagerne i Dronningland og Fiji).
i April 1885 erklærede det tyske imperium et protektorat over Nordsalomonøerne, inklusive Choiseul. I 1900 under betingelserne i Berlin-traktaten (14.November 1899) overførte Tyskland Nordsalomonøerne (undtagen Bougainville og dets omkringliggende øer) til British Salomonøerne protektorat i bytte for briterne opgive alle krav til Samoa. Missionærer bosatte sig på Choiseul under begge protektorater og konverterede det meste af befolkningen til kristendommen. I begyndelsen af det 20.århundrede begyndte flere britiske og australske firmaer storskala kokosnødplantning.
den østrigske antropolog og fotograf Hugo Bernatsik besøgte Choiseul i 1932. Bernatsik dokumenterede nogle af de få tilbageværende forfædres skikke hos øens folk og beskrev dem i en etnografi, som han offentliggjorde et par år senere. Han tog også nogle fotografier af øboerne og bragte en stenurne tilbage med udskæringer, hvilket afspejler en kultur, som han anså for at dø i kontakt med den moderne verden.
under Anden Verdenskrig besatte japanske styrker Choiseul i 1942. En bataljon af amerikanske marinesoldater gennemførte et angreb på øen i oktober – November 1943 for at aflede opmærksomheden væk fra landingerne ved Cape Torokina.
efter Salomonøernes uafhængighed i juli 1978 er Choiseul blevet administreret som en del af Choiseul-provinsen.