hovedansvaret for miljøspørgsmål ligger i miljøprogramafdelingen i Sundhedsministeriet og i Det Nationale Planlægningskontor samt i det økologiske Rådgivningskontor i Ministeriet for National velfærd og miljøministeriet i Udenrigsministeriet.
Chiles største miljøproblemer er skovrydning og den deraf følgende jorderosion og forurening af dets luft, vand og jord. Luftforurening fra industri og transport og vandforurening er især akut i bycentre, hvor befolkningen er fordoblet i de sidste 30 år. I 1996 udgjorde Chiles industrielle kulstofemissioner 48,7 millioner tons. Ubehandlet spildevand udgør den største trussel mod landets vandkvalitet. Fra 2001 havde Chile 928 cu km vedvarende vandressourcer. Mens 99% af byboerne har rent drikkevand, har kun 58% af landboerne samme adgang.
truede arter i Chile inkluderer den sydlige Andinske huemul, tundra vandrefalk, puna rhea, Chilensk træstjerne, Rødhåret gås og grøn havskildpadde. Fra 2001 blev 16 arter af pattedyr i alt 91 betragtet som truede. Af 296 avlsfuglearter blev 18 truet med udryddelse. Også truet var fire typer ferskvandsfisk og 268 plantearter.