Charles Chauncy var oldebarn af Charles Chauncy, anden præsident for Harvard College. Unge Charles blev født og uddannet i Boston. Han dimitterede fra Harvard i 1721 og modtog sin kandidatgrad der i 1724. Ordineret som minister for den første kirke i Boston i 1727 tjente han i denne prestigefyldte stilling i 60 år. I 1727 giftede han sig med den første af tre hustruer, Elisabeth først; i 1738 giftede han sig med Elisabeth Byende; og i 1760 Mary Stoddard. Han var en seriøs, flittig person og en energisk lærer af religion og Bibelen.
Chauncy blev den store vækkes mest formidable kritiker. I 1741 holdt han et foredrag, der var bemærkelsesværdigt tæt i ånden på den nyenglandske præst Jonathan Edvards tankegang, men et år senere prædikede Chauncy mod genoplivningerne. Hans sæsonmæssige tanker om Religionstilstanden (1743) er en omhyggeligt bygget afhandling mod religiøs entusiasme. Han henviste i vid udstrækning til Bibelen og præsenterede den store opvågning som en tid med løbende følelsesmæssighed, åndelig stolthed, vildfarelse og uorden. Da George, den store engelske evangelist, vendte tilbage til Ny England i 1744, var han hverken velkommen på Harvard eller på Yale, og Chauncy, et medlem af Harvard Board of Superseers, valgte dette øjeblik til at prædike en ekskoriation af Hvidmarken og opvågnen.
selvom Chauncy betragtede sig selv som en Calvinist, fortolkede han Calvinismen på flere vigtige punkter og vendte sig væk fra synspunkter fra hans mere ortodokse samtidige. Han prædikede mod en anglikansk virksomhed i kolonierne. Chauncy så fornuft som essensen af “vores karakter som mænd” og troede, at det ville hjælpe med at guide En person til frelse. Kontrasten mellem tro og gerninger som modsætninger, følte han, var blevet understreget for meget.
Chuncys tro på den væsentlige pålidelighed af sund fornuft, selv i det uindløste, afledt af hans tillid til Guddommens velvilje. Han mente, at Kristi død var nødvendig for menneskets frelse, ikke for at formilde en hævngerrig Gud, men fordi denne katastrofale begivenhed vækkede syndere til Guds autoritet. Chauncy følte, at Kristus døde ikke for at indløse nogle få udvalgte, men for at redde hele menneskeheden, og at arvesynden ikke var en beregnet tilstand, men blot en medfødt tendens. Han bevægede sig gradvist mod universalisme og begrebet Gud som universets eneste monark snarere end Calvinismens tre personers Gud. Disse temaer er grundlæggende for hans indflydelsesrige Kompleat-syn på bispedømmet (1771) såvel som to andre værker, Guddommens velvilje (1784) og mysteriet Hid fromm Ages … eller alles menneskers frelse … (1784), begge udgivet anonymt i London, men tilsyneladende skrevet før 1768. Chauncys tænkning forudså markant udviklingen fra det 19.århundrede i Ny England teologi.