organizace genomu v jaderném prostoru je nonrandom a ovlivňuje funkce genomu, včetně transkripce, replikace a opravy. Specifické genomické oblasti, ze stejných nebo různých chromozomů, se často fyzicky spojují navzájem as jadernými strukturami, což vede ke složitě rozčleněnému jádru. Příklady genomových interakcí jsou asociace zesilovače s promotorem nebo shlukování genů, jako jsou geny rDNA v jádře. Interakce genomu byly tradičně studovány pomocí fluorescenční in situ hybridizace (FISH), která umožňuje vizualizaci prostorového vztahu mezi odlišnými geny nebo genomovými oblastmi. Omezení této metody spočívají v tom, že lze vyslýchat pouze známé interakce, v experimentu lze sondovat pouze velmi málo lokusů a rozlišení je omezeno na optiku mikroskopu.
rodina technik zachycení konformace chromozomů je soubor biochemických přístupů k určení fyzické interakce genomových oblastí. C-technologie přístupy vždy zahrnují pět kroků: (1) formaldehyd fixace zesítění chromatinu v místech fyzikální interakce, (2) štěpení chromatinu restrikčním enzymem nebo sonikací, (3) ligace za zředěných podmínek zvýhodňující ligaci mezi konci DNA zachycených na stejném komplexu přes ligace z náhodných kolizí, (4) detekce ligačních spojů pomocí variabilních kroků molekulární biologie v závislosti na variantě metod a (5) výpočetní analýza pro stanovení interakčních frekvencí zachycených v ligaci zesítěného chromatinu.
C-technologie (3C, 4C, 5C, Hi-C) se liší způsobem detekce a rozsahem toho, jaké interakce mohou zkoumat. Metoda 3C testuje interakci mezi dvěma známými místy v genomu, 4C umožňuje sondování neznámých interaktorů známé návnadové sekvence, 5C identifikuje všechny oblasti interakce v dané genomové doméně,a Hi-C sonduje všechny vyskytující se interakce nezaujatým způsobem v celém genomu. Další varianty (ChIA-PET, ChIP-Loop) obsahují krok srážení bílkovin, který umožňuje identifikaci genomových interakcí, které zahrnují specifický protein zájmu. Volba metody silně závisí na specifické povaze a rozsahu biologické otázky, ale také na dostupnosti zdrojů, včetně množství výchozího materiálu a kapacity sekvenování. Bylo vyvinuto mnoho derivátů standardních C-technik, často inspirovaných konkrétní biologickou otázkou nebo s cílem zlepšit specifičnost nebo snížit pozadí.
C-technologie jsou populační metody. Vytvářejí spíše relativní pravděpodobnost kontaktu než absolutní kontaktní frekvence. Populační povaha je způsobena skutečností, že každý genomický lokus dává v jedné buňce jednu dvojici ligačního spojení. Aby bylo možné vysoké pokrytí a kvantitativní hodnocení kontaktních profilů, musí být v každém experimentu zahrnuty a kombinovány tisíce až miliony genomových ekvivalentů (buněk) obsahujících více ligačních spojů. Korelace mezi kontakty C a DNA ryby ukázaly, že interchromozomální asociace, která se vyskytuje v 3% -5% buněk v populaci, bude obvykle detekována jako pozitivní ve většině metod C. Častější asociace obecně vedou k silnějším signálům; síla signálu však může také odrážet afinitu fyzických interakcí, nikoli její frekvenci.
kritickým krokem v analýze dat je určení, zda je interakce detekovaná jako ligační spojení specifická. Kontaktní frekvence exponenciálně klesá a nepřímo souvisí s lineární genomickou vzdáleností až několik Mb od referenčního bodu. Proto se očekává, že frekvence specifického kontaktu v blízkosti lokusu bude vyšší než pozadí náhodných kolizí. Dobrým ukazatelem specifičnosti mimo rozsah Mb je detekce dané interakce jako shluky signálů ze sousedních restrikčních fragmentů.
rozlišení C metod je dáno povahou použitých restrikčních enzymů a v případě metod, které používají sekvenování pro detekci, také počtem sekvenačních čtení. Frekvence rozpoznávacích sekvencí endonukleázy se čtyřmi bázovými páry (bp)je v zásadě šestnáctkrát vyšší než frekvence rozpoznávací sekvence řezačky šesti bp. Očekává se, že použití čtyř řezaček bp zvýší rozlišení kontaktů v rozsahu Mb, kde jsou zachyceny více ligačních událostí pro konkrétní kontakty a kolize pozadí. Kromě tohoto rozsahu, nicméně, kde shluky restrikčních fragmentů definují kontaktní oblasti v rozmezí desítek až stovek kb, očekává se, že výhoda použití čtyř BP frézy bude snížena. Ačkoli mnoho genomových testů používalo vyhrazené mikroarrays, Hi-propustnost sekvenování se stává metodou volby pro globální detekci ligačních uzlů. Hloubka sekvenování je technickou bariérou pro rozlišení v některých přístupech, jako jsou Hi-C a ChIA-PET. Technologie založené na PCR překonávají toto omezení zesílením podmnožiny kontaktů, s kompromisem sníženého pokrytí. Párová povaha ligačních produktů ukládá sílu dvou vztahů mezi zvýšením rozlišení a zvýšením požadované hloubky sekvenování. Genomické pokrytí na hloubku sekvenování závisí také na velikosti kontrolovaného genomu. Například podobná sekvenační síla poskytuje desítky kb rozlišení kontaktu v kvasinkách, ale pouze Mb rozlišení v lidském genomu.