v roce 1768 pojmenoval francouzský průzkumník Louis Antoine de Bougainville ostrov po tehdejším francouzském ministru zahraničí Étienne François, duc de Choiseul.
první zaznamenané pozorování Evropany bylo španělskou expedicí Álvaro de Mendaña v dubnu 1568. Přesněji bylo pozorování způsobeno místní plavbou provedenou malou lodí, na účtech brigantine Santiago, velel Maestre de Campo Pedro Ortega Valencia a měl Hernán Gallego jako pilot. Zmapovali ji jako San Marcos A také pojmenovali úzký kanál oddělující San Jorge od ostrova Santa Isabel jako kanál Ortega po veliteli expedice.
v devatenáctém století ostrované Choiseul trpěli útoky kosů (často brutální nábor nebo únos dělníků na cukrových plantážích v Queenslandu a na Fidži).
v dubnu 1885 vyhlásila německá říše protektorát nad severními Šalamounovými ostrovy, včetně Choiseulu. V roce 1900, podle podmínek Berlínské smlouvy (14. listopadu 1899), Německo převedlo Severní Šalamounovy ostrovy (s výjimkou Bougainville a okolních ostrovů) na Protektorát britských Šalamounových ostrovů výměnou za to, že se Britové vzdali všech nároků na Samoa. Misionáři se usadili na Choiseulu pod oběma protektoráty a přeměnili většinu populace na křesťanství. Na počátku 20. století několik britských a australských firem zahájilo rozsáhlou výsadbu kokosu.
rakouský antropolog a fotograf Hugo Bernatzik navštívil Choiseul v roce 1932. Bernatzik zdokumentoval některé z mála zbývajících předků obyvatel ostrova a popsal je v etnografii, kterou publikoval o několik let později. Pořídil také několik fotografií ostrovanů a přinesl zpět kamennou urnu s řezbami, odrážející kulturu, o které se domníval, že umírá v kontaktu s moderním světem.
během druhé světové války japonské síly obsadily Choiseul v roce 1942. Prapor amerických mariňáků provedl nálet na ostrov v říjnu až listopadu 1943, aby odvrátil pozornost od přistání na mysu Torokina.
po nezávislosti Šalamounových ostrovů v červenci 1978 byl Choiseul spravován jako součást provincie Choiseul.